Bioinformatique : analyses métagénomiques et transcriptomiques

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Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)

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Bioinformatique : analyses métagénomiques et transcriptomiques

Présentation

Le module est organisé en quatre volets. Les deux premiers seront illustrés par des études de cas réalisées par les étudiants.

  • La transcriptomique : principe et analyse ( traitements statistiques et bioanalyse)
  • La métagénétique : principe et exemples d'analyses
  • La métagénomique : principe et analyse de données
  • La métatranscriptomique : principe et exemples d'analyse

Objectifs

Acquisition des connaissances nécessaires à l'exploitation de l'information issue du séquençage haut - débit, et de la transcriptomique.

Formation venant en complément des approches classiques de biologie moléculaire permettant d'explorer, via l'utilisation d'outils bio-informatiques, la vaste source de données générées par les méthodes "omiques".

Conditions d'admission

En complément de solides connaissances en biologie moléculaire, les notions acquises dans le module Outils Bioinformatiques Appliqués à la génomique ( L3 ) ou équivalent constitueront le socle des connaissances nécessaires pour aborder l'enseignement dispensé dans cette unité.

Volume horaire

  • CM : 18H
  • TD : 28,5H

Examens

100% Contrôle continu ( 30% oral, 70% écrit)

Informations complémentaires

  • En cours : rappels des notions essentielles sur les méthodes d'études des génomes, transcriptomes métagénomes et métatranscriptomes.
  • En TD : mise en pratique au travers : - De l'analyse et de la présentation d'articles mettant en oeuvre des données "omiques" ( note d'oral )
     - De l'analyse de jeux de données brutes en tutorat ( nalyses de données de transcriptomique et métangénomique )
     - De l'analyse de jeux de données brutes, travail sur un projet en autonomie aboutissant à des rapports entrant dans l'évaluation de l'UE ( note d'écrit )

En bref

Crédits ECTS 5

Nombre d'heures 46,5H

Période de l'année
Automne

Langue d'enseignement
Français / Anglais

Contact(s)

Composante

Responsable(s)

LAUGA Béatrice

Responsable M2 BME

Email : beatrice.lauga @ univ-pau.fr

Lieu(x)

  • Pau