Aborder la question des fichiers par rapport aux droits fondamentaux revient à s'interroger sur la question de la protection des données à caractère personnel. Il existe en droit européen (droit du Conseil de l'Europe et droit de l'Union européenne) tout un corpus de règles fondamentales spécifiques à la matière, qui s'imposent au droit interne. Les fichiers en droit interne français concernant police et renseignement sont multiples. La confrontation entre droit européen et droit interne est source d'un "dialogue des juges" particulièrement étoffé depuis quelques années.

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