Microbiologie environnementale

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Formation continue et reprise d'études

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Actualités

Microbiologie environnementale

Présentation

Depuis l’apparition de la vie unicellulaire sur la Terre, les microorganismes ont pu coloniser la plupart des écosystèmes terrestres de l’atmosphère jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur dans la croute terrestre. Les microorganismes sont à la base des chaines alimentaires. Ils participent au recyclage de la matière et aux grands cycles biogéochimiques. Les buts de cette UE seront de comprendre les techniques d’études de ces microorganismes dans l’environnement, de comprendre le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques et de comprendre les interactions entre ces microorganismes mais également avec leur hôte (plante, animal) avec un focus sur l’écosystème microbien de l’Homme.

Conditions d'admission

Pré-requis nécessaires : Microbiologie 1 (L1) ; Microbiologie 2 (L2)

Volume horaire

  • Travaux Dirigés : 21h
  • Cours Magistral : 18h

Examens

CC 25%, Oral 25%, CT 50%

Syllabus

Plan du Cours :

1- Introduction

1.1 Buts de l’écologie microbienne

1.2 Fonctions des microorganismes

1.3 Procaryotes : la majorité silencieuse

 

2- Qu’est-ce que l’écologie ?

2.1 Niveaux inférieurs d’organisation du vivant

2.2 Niveaux supérieurs d’organisation du vivant

2.3 Les niveaux d’étude de l’écologie

2.4 Les domaines d’étude de l’écologie

2.5 Notion de facteur écologique

2.6 Valence écologique et aire de répartition des microorganismes

2.7 La notion d’espèce en microbiologie

 

3- Etude de la biodiversité microbienne

3.1 Echantillonnage

3.2 Microscopie

3.3 Cytométrie de flux

3.4 Sélection et isolements

3.5 Méthodes moléculaires

3.6 Autres méthodes

 

4- Application aux tapis microbiens

4.1 Utilisation d’inhibiteurs

4.2 Fractionnement isotopique

4.3 Indices de diversité

 

5- Cycles biogéochimiques

5.1 Chaines alimentaires et boucle microbienne

5.2 Carbone

5.3 Azote

5.4 Soufre

5.5 Phosphore

5.6 Métaux

 

6- Interactions entre les microorganismes

6.1 Introduction

6.2 Neutralisme

6.3 Amensalisme

6.4 Prédation

6.5 Compétition

6.6 Parasitisme

6.7 Commensalisme

6.8 Coopération

6.9 Mutualisme

 

7- Le microbiote humain

 

En bref

Crédits ECTS 4.0

Nombre d'heures 39.0

Contact(s)

Composante

Responsable(s)

RANCHOU-PEYRUSE Anthony (L3)


Tél : 05.40.17.51.64

Email : anthony.ranchou-peyruse @ univ-pau.fr

Lieu(x)

  • Pau