Biological Macromolecules Characterization

  • ECTS

    2 crédits

  • Composante

    Collège Sciences et Technologies pour l’Energie et l’Environnement (STEE)

  • Volume horaire

    18h

Description

Introduction into proteomics and the related modern analytical methods (including proteomic mass spectrometry) for proteome analysis of biological organisms. Brief introduction into DNA sequencing, genomics and the related analytical methods. Hot topics will be integrated such as corona virus sequencing and Covid-19 tests.

The following topics are covered:

  • Peptides and proteins; their structure and functions; post-translational modifications
  • DNA sequencing and genomics
  • The proteomic workflow
  • Sample preparation (fractionation, centrifugation, extraction, interferences, denaturation, reduction, alkylation, enzymatic digestion etc.)
  • Peptide and protein separation methods, gel electrophoresis
  • Proteomic mass spectrometry (ESI and MALDI, high resolution mass analyzers, tandem mass spectrometry, collision induced fragmentation)
  • Data treatment (fingerprint, peptide and protein sequencing, de novo sequencing)
  • Data bases
  • Bottom-up and top-down approaches
  • Exercises: analyses of spectra, peptide sequencing

Analysis, presentation and discussion of scientific articles

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Objectifs

At the end of this course you will be able to :

  • Biochemical knowledge on peptides and proteins, knowledge in analytical chemistry on modern proteomic methods, basic knowledge on DNA sequencing
  • Interpretation of mass spectra of peptides and proteins; peptide sequencing
  • Interpretation, presentation, discussion and criticism of scientific articles
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Heures d'enseignement

  • Biological Macromolecules Characterization - CMCours Magistral9h
  • Biological Macromolecules Characterization - TDTravaux Dirigés9h

Contrôle des connaissances

1st: continuous assessment :

  • 50% final exam : analyze an article
  • 50% oral presentation

2nd : written exam about the lesson

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Compétences acquises

Compétences

Niveau d'acquisition

Communication spécialisée pour le transfert de connaissancesIdentifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation2 - Application
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et en anglais2 - Application
Appui à la transformation en contexte professionnelConduire un projet (conception, pilotage, coordination d'équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires (biologie, chimie) dans un cadre collaboratif2 - Application
Usages avancés et spécialisés des outils numériquesSe servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche de la chimie, microbiologie et de l'environnement1 - Notion
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisésMobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l'avant-garde du savoir dans les domaines de l'environnement et/ou de la chimie et/ou la microbiologie de l'environnement comme base d'une pensée originale2 - Application
Développer une conscience critique des savoirs dans les domaines de l'environnement et/ou de la chimie et/ou de la microbiologie de l'environnement2 - Application
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines (chimie, microbiologie, environnement)2 - Application
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d'échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux1 - Notion
Compétences spécifiques domaine d'application Chimie analytiqueConnaître l'ensemble de la chaîne analytique : du prélèvement de l'échantillon à l'édition du résultat2 - Application
Anticiper l'influence des différents paramètres opératoires associés aux méthodes séparatives, spectroscopiques, physico-chimiques, optiques, mécaniques, nucléaires, au prélèvement, conservation et traitement d'échantillons, au traitement statistique des données multiples associées2 - Application
Rechercher, définir et mettre en œuvre, en fonction de chaque problème particulier, la méthode d'analyse adaptée2 - Application
Exploiter et interpréter les données issues de méthodes physico-chimiques d'analyse mises en œuvre dans des secteurs d'activités tels que la santé, l'agroalimentaire ou l'environnement, etc2 - Application
Justifier une décision à partir des connaissances en physicochimie en lien avec les domaines d'applications1 - Notion