• Ce cours aborde les notions suivantes : 

• Solutions Aqueuses : structure de la molécule d’eau et propriétés de l’eau, 
• Structure des protéines, 
• Stabilité des protéines, 
• Repliement des protéines : chaperons et autres assistants du repliement, 
• Oxydation des protéines, 
• Dégradation des protéines, 
• Enzymologie approfondie : 

- Vitesse de réaction, loi de vitesse et ordre de la réaction, théorie de l’état de transition, 

- Réactions à deux substrats,

- Régulation de l’activité enzymatique. 

• Transport à travers les membranes, 
• La phosphorylation oxydative. 

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Approfondissement de connaissances en biologie moléculaire. 

• Plan du cours : 

Conformation des génomes 

• Complexité des génomes procaryotes et eucaryotes, 
• Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux, 
• Réplication des génomes,
• Topoisomérases,
• Régulation de la réplication. 

Organisation des génomes

• Structure des gènes chez les organismes procaryotes et eucaryotes, 
• Expression des gènes, 
• Régulation de l'expression génique chez les organismes procaryotes et eucaryotes.  

Plasticité génomique 

• Éléments mobiles :  

             - Plasmides,  

            - Transposons,  

            - Intégrons. 

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• Ce cours aborde les notions suivantes : 

• Cellules et organes du système immunitaires, 
• Structure et fonction des immunoglobulines, 
• Le complexe majeur d’histocompatibilité, 
• Le système du complément, 
• Génétique du système HLA et des immunoglobulines, 
• La réponse immune, 
• Techniques d’immunologie. 

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Cette UE obligatoire vise à développer les différentes compétences langagières définies par le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).

Pour ce sixième semestre l’accent sera mis sur l’expression orale (et écrite en fonction du niveau CECRL de l’étudiant).

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Ce cours complète les connaissances acquises en biologie moléculaire en permettant d’explorer et d’utiliser les séquences présentes dans les nombreuses bases de données.

Plusieurs outils de bioinformatique seront utilisés pour analyser ces données, notamment par l’identification de gènes, de mutations, de domaines ou motifs, pouvant permettre de proposer des fonctions aux protéines et des phénotypes aux organismes étudiés.

• Le cours se compose des 4 chapitres suivants :

I- Introduction de la Bioinformatique,

II- Les Bases de Données,

III- Les Formats,

IV- L’Alignement de Séquences.

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Dans cette UE l’étudiant travaillera en équipe de 2 à 4 étudiants autour d’une problématique scientifique simple.

Après une phase de recherche bibliographique, cette problématique débouchera sur un travail personnel dont la nature peut varier : observation et description d’objets naturels ou artificiels, traitement de données, mise en évidence de phénomènes, expérimentation, modélisation, simulation etc.

Ce travail réalisé en autonomie doit suivre une démarche scientifique quantitative permettant d’avoir un regard critique sur la production réalisée avec un minimum de moyens. L’évaluation aura lieu sous la forme d’une soutenance orale individuelle, complétée par une fiche de synthèse. 

Cette UE a pour objectif la valorisation des compétences pratiques et de l’autonomie de l’étudiant vis-à-vis d’une démarche scientifique quantitative, tout en développant un recul critique sur la démarche développée. Les capacités de communication lors de la soutenance et au sein du groupe seront également développées pour mener à bien ce travail. 

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Le stage s’effectue de début avril à fin mai (8 semaines minimum), mais peut s’étendre jusqu’à fin août (24 semaines). Il se déroule en France ou à l’étranger, dans une structure d’accueil privée, publique ou parapublique avec laquelle une convention de stage est signée.

L’étudiant est mis en situation de recherche d’emploi : il effectue l’ensemble des démarches, depuis la recherche de l’entreprise d’accueil jusqu’à la signature de la convention. Il est immergé dans le monde professionnel de 8 à 24 semaines et peut établir ses premiers contacts professionnels.

Cette UE est ouverte aux étudiants des parcours BCM et BGST. Pour ces derniers, il est fortement recommandé d’effectuer le stage au sein d’un établissement scolaire, essentiel pour les étudiants de L3 qui souhaitent poursuivre leurs études en Master M2E.

IMPORTANT : Le stage de L3 compte pour un total de 6 ECTS avec 2 ECTS de l’UE stage professionnel et 4 ECTS de l’UE outils bibliographiques – projet. Il est donc impératif de s’inscrire aux deux UE pour pouvoir valider la totalité des ECTS.

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Cette UE est associée à l’UE stage professionnel, et vient sanctionner l’évaluation du stage par le rapport de stage et la présentation orale.

Le but de cette UE est donc de familiariser les étudiants avec la rédaction d’un rapport de stage scientifique ou pédagogique en suivant les consignes de rédaction transmises par l’équipe pédagogiques. Les étudiants vont également avoir l’opportunité de défendre leur stage par une présentation orale qui aura lieu environ une semaine après la fin du stage.

Pour les étudiants se destinant aux métiers de l’enseignement, il est fortement recommandé que le stage soit effectué au sein d’un établissement scolaire. Un apport de connaissances sur le système éducatif et le métier d’enseignant sera apporté avant le stage.

IMPORTANT : Le stage de L3 compte pour un total de 6 ECTS avec 2 ECTS de l’UE stage professionnel et 4 ECTS de l’UE outils bibliographiques – projet. Il est donc impératif de s’inscrire aux deux UE pour pouvoir valider la totalité des ECTS.

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Depuis l’apparition de la vie unicellulaire sur la Terre, les micro-organismes ont pu coloniser la plupart des écosystèmes terrestres de l’atmosphère jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur dans la croûte terrestre. Les micro-organismes sont à la base des chaînes alimentaires. Ils participent au recyclage de la matière et aux grands cycles biogéochimiques.

• Les buts de cette UE seront de : 

• Comprendre les techniques d’études de ces micro-organismes dans l’environnement, 
• Comprendre le rôle des micro-organismes dans les cycles biogéochimiques, 
• Comprendre les interactions entre ces micro-organismes mais également avec leur hôte (plante, animal) avec un focus sur l’écosystème microbien de l’Homme. 

• Plan du cours : 

1- Introduction 

1.1 Buts de l’écologie microbienne,  

1.2 Fonctions des microorganismes,   

1.3 Procaryotes : la majorité silencieuse.  

2- Qu’est-ce que l’écologie ? 

2.1 Niveaux inférieurs d’organisation du vivant,  

2.2 Niveaux supérieurs d’organisation du vivant,  

2.3 Les niveaux d’étude de l’écologie,  

2.4 Les domaines d’étude de l’écologie,  

2.5 Notion de facteur écologique,  

2.6 Valence écologique et aire de répartition des microorganismes,  

2.7 La notion d’espèce en microbiologie.  

3- Étude de la biodiversité microbienne 

3.1 Échantillonnage,  

3.2 Microscopie,  

3.3 Cytométrie de flux,  

3.4 Sélection et isolements,  

3.5 Méthodes moléculaires,  

3.6 Autres méthodes. 

4- Application aux tapis microbiens 

4.1 Utilisation d’inhibiteurs,  

4.2 Fractionnement isotopique,  

4.3 Indices de diversité.  

5- Cycles biogéochimiques 

5.1 Chaines alimentaires et boucle microbienne, 

5.2 Carbone,  

5.3 Azote,  

5.4 Soufre,  

5.5 Phosphore, 

5.6 Métaux.  

6- Interactions entre les micro-organismes 

6.1 Introduction,  

6.2 Neutralisme,  

6.3 Amensalisme,  

6.4 Prédation,  

6.5 Compétition,  

6.6 Parasitisme,  

6.7 Commensalisme,  

6.8 Coopération,  

6.9 Mutualisme. 

7- Le microbiote humain 

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La démarche est basée sur une approche de terrain permettant de pratiquer la détermination d’espèces, notamment en botanique, et les premières notions d’écosystèmes par le prisme de l’écologie végétale.

La démarche permet de mobiliser les connaissances de biologie végétale acquises lors des deux premières années de licence : vocabulaire anatomique, cycle de développement, etc, pour les végétaux sans fleur et avec fleur. Ceci pour décrire et classifier les spécimens observés in situ.

La pratique sur le terrain permet également d’aborder la notion d’écosystèmes au travers de la caractérisation des végétaux ainsi que les adaptations morphologiques nécessaires.

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L’unité d’enseignement de génétique des populations apportent les bases indispensables à la compréhension du fonctionnement génétique des populations.  

• Il comprend des cours magistraux et des travaux dirigés couvrant : 

• Fréquences alléliques, loi de Hardy-Weinberg, fréquences des hétérozygotes, structure génétique, 
• Evolution moléculaire : déséquilibre de liaison, théorie neutraliste de l’évolution moléculaire, sélection, auto-stop, 
• Pressions évolutives : mutation, dérive génétique, migration, sélection,   
• Subdivision des populations et statistiques F (statistique de Wright, effet Walhund), 

• Spéciation. 

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› Partie méthodes électroanalytiques :

1) Dosages pHmétriques : calcul rigoureux de pH et dosage de mélanges d’acides ou de bases,

2) Dosages potentiométriques à courant nul 3) Dosages potentiométriques à courant imposé.

› Partie spectrométrie de masse :

1) Détermination et prédiction des masses, de la résolution spectrale et des abondances des isotopologues dans un spectre de masse,

2) Apprentissage du fonctionnement d’un spectromètre de masse (source d’ionisation et analyseur),

3) Apprentissage du fonctionnement des analyseurs multiples.

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