Depuis l’apparition de la vie unicellulaire sur la Terre, les micro-organismes ont pu coloniser la plupart des écosystèmes terrestres de l’atmosphère jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur dans la croûte terrestre. Les micro-organismes sont à la base des chaînes alimentaires. Ils participent au recyclage de la matière et aux grands cycles biogéochimiques.

• Les buts de cette UE seront de : 

• Comprendre les techniques d’études de ces micro-organismes dans l’environnement, 
• Comprendre le rôle des micro-organismes dans les cycles biogéochimiques, 
• Comprendre les interactions entre ces micro-organismes mais également avec leur hôte (plante, animal) avec un focus sur l’écosystème microbien de l’Homme. 

• Plan du cours : 

1- Introduction 

1.1 Buts de l’écologie microbienne,  

1.2 Fonctions des microorganismes,   

1.3 Procaryotes : la majorité silencieuse.  

2- Qu’est-ce que l’écologie ? 

2.1 Niveaux inférieurs d’organisation du vivant,  

2.2 Niveaux supérieurs d’organisation du vivant,  

2.3 Les niveaux d’étude de l’écologie,  

2.4 Les domaines d’étude de l’écologie,  

2.5 Notion de facteur écologique,  

2.6 Valence écologique et aire de répartition des microorganismes,  

2.7 La notion d’espèce en microbiologie.  

3- Étude de la biodiversité microbienne 

3.1 Échantillonnage,  

3.2 Microscopie,  

3.3 Cytométrie de flux,  

3.4 Sélection et isolements,  

3.5 Méthodes moléculaires,  

3.6 Autres méthodes. 

4- Application aux tapis microbiens 

4.1 Utilisation d’inhibiteurs,  

4.2 Fractionnement isotopique,  

4.3 Indices de diversité.  

5- Cycles biogéochimiques 

5.1 Chaines alimentaires et boucle microbienne, 

5.2 Carbone,  

5.3 Azote,  

5.4 Soufre,  

5.5 Phosphore, 

5.6 Métaux.  

6- Interactions entre les micro-organismes 

6.1 Introduction,  

6.2 Neutralisme,  

6.3 Amensalisme,  

6.4 Prédation,  

6.5 Compétition,  

6.6 Parasitisme,  

6.7 Commensalisme,  

6.8 Coopération,  

6.9 Mutualisme. 

7- Le microbiote humain 

À la fin de cette UE, vous serez capable de :  

• Avoir les connaissances de base en microbiologie environnementale,  
• Avoir les connaissances théoriques des techniques classiques de microbiologie environnementale, 
• Analyser, comprendre et expliquer une publication de recherche, 
• Mobiliser les connaissances théoriques en microbiologie environnementale pour traiter une problématique environnementale, 
• Exposer des résultats scientifiques à un auditoire. 

• UE Macromolécules L1,
• UE Ecologie et Ecosystèmes L1,
• Microbiologie 1 L1,
• Biologie Moléculaire L2,
• Microbiologie 2 L3 S5.  

100% Contrôle Continu Intégral.