Cette UE de remise à niveau (en chimie ou biologie selon les prérequis de l’étudiant(e)) a lieu sur les deux premières semaines du semestre impair afin de revoir, dans ces disciplines, les bases indispensables aux autres UE des parcours du Master.

Remise à niveau en Chimie :

• Rappels d’atomistique : structure de l’atome, configuration électronique des atomes et des molécules, géométrie des molécules ; lien vers la spectroscopie et la spectrométrie
• En solution aqueuse : rappels et applications environnementales ou analytiques des réactions acide-base, d’oxydo-réduction, de précipitation et de complexation.

Ou

Remise à niveau en Biologie :

• Biologie moléculaire : structure des acides nucléiques, constitution des génomes, réplication, transcription, traduction, séquençage, comparaison des gènes et applications, PCR et applications en microbiologie environnementale, hybridation in situ.
• Microbiologie : introduction aux grands domaines du vivant, structure et métabolisme des microorganismes procaryotes et eucaryotes inférieurs, notions des techniques en microbiologie
• Écologie microbienne : grands cycles biogéochimiques, notions de techniques en écologie microbienne.

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L’objectif de ce cours est de permettre aux étudiants n’ayant peu ou pas de connaissance en statistique d’acquérir rapidement les bases de l’analyse statistique appliquée à la chimie et aux sciences du vivant. Les notions suivantes seront abordées :

• Fluctuations d'échantillonnage.
• Estimateurs usuels
• Intervalles de confiance.
• Principe des tests statistiques.
• Comparaison de moyennes.
• Régression linéaire.

Il se peut que les enseignants de l’UE estiment qu’un étudiant a le niveau suffisant pour ne pas avoir besoin de suivre l’UE. Dans ce cas précis, l’étudiant pourra être dispensé de cours mais devra mener à bien un projet d’analyse de donnée qui sera évalué par le rendu d’un rapport écrit en fin de semestre.

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Course summary :

• Sampling: definition and environmental context, different types of samples, strategies, Quality control and errors, sampling techniques, sampling for analysis of various elements, stability and storage of the samples.

• Sample preparation: liquid samples (filtration, extraction), solid samples (grinding, sieving, freeze-drying, stabilization), solubilization of the sample (mineralization, extraction).
• On-site and basic analyses: Field measurements and analyses, Physical and physico-chemical measurements, Water inorganic composition, Overall organic pollution parameters, Nitrogen and phosphorus pollution.
• One-day field work.

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Sommaire du cours :

• Echantillonnage: définition et contexte environnemental, les différents types d’échantillons, les stratégies, la contrôle qualité et les erreurs, les techniques d’échantillonnage, échantillonnage pour analyse de divers éléments, stabilité et stockage des échantillons prélevés.
• Préparation des échantillons : échantillons liquides (filtration, extraction), échantillons solides (broyage, tamisage, lyophilisation, stabilisation), mise en solution de l’échantillon (minéralisation, extraction).
• Analyses sur site et analyses de base : Mesures et analyses de terrain, Mesures physiques et physico-chimiques, Les titres de l’eau, Les paramètres globaux de pollution organique, Pollutions azotée et phosphorée.
• Sortie terrain

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Préparation à la certification en anglais, Test of English for International Communication (TOEIC).

Le TOEIC mesure les compétences de compréhension écrite et orale pour les niveaux débutant à avancé et détermine si une personne peut communiquer en anglais efficacement et avec aisance dans un contexte professionnel.

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1-     Concepts introductifs

Notions de boucle microbienne, chaîne trophique, flux entre les compartiments, étapes clés d’un cycle biogéochimique

2-     Cycle du carbone

Présentation et illustration au travers d’exemples, cycle du carbone dans différents environnements

3-     Cycle de l’azote

         Assimilation et production des composés azotés, cycle dans écosystèmes naturels

4-     Cycle du soufre

         Production des sulfures et sulfates, cycle dans écosystèmes naturels

5-     Cycle des métaux

Cycle du fer et du manganèse

6-     Cycle du phosphore

Applications, exemple milieu marin

Les cours abordent les notions et concepts sur le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques.

Ces notions sont également abordées par l’étude de cas et analyses de publications, dont la préparation et le rendu oral seront l’objet du contrôle continu de l’UE. La réflexion autour des notions et concepts acquis, ainsi que l’esprit critique et de synthèse, seront évalués par un examen écrit.

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Travail pratique sur une étude de cas :

• Analyses microbiologiques d'un cours d'eau (transect amont-aval)
• Mise en place d’une colonne de Winogradsky, étude du fonctionnement de cette colonne. Impact d’une contamination organique.
• Rédaction d'un mémoire sur la base des résultats acquis

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Approches théoriques et techniques de l'étude du polymorphisme et de la diversité par marqueurs moléculaires.

Partie théorique :

Cours en début de semestre sur les marqueurs moléculaires pour l'analyse du polymorphisme.
Analyse de différentes applications sur publications en TD.
Présentation orale de chaque publication.

Partie expérimentale :

Travaux Pratiques sur 1 semaine complète en conditions de laboratoire.
Compte-rendu sous la forme d'un rapport scientifique.

Theoretical and technical approaches to study the polymorphism and the biodiversity by molecular markers.

Theoretical part:

Lectures at the beginning of the semester on molecular markers for polymorphism studies.
Analysis of different applications with publications (tutorials).
Oral presentation of each publication.

Practical part:

Practical work during a week in laboratory conditions.
Write as a scientific report.

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TP Analyse de l’eau : paramètres globaux : 5 séances de TP de 4h (20h)

• Analyse des constituants majeurs d’une eau: étude de la balance ionique de deux eaux de consommation, comparaison eau minérale et eau du robinet.
• Bilan en azote réduit : dosage de l’ammonium par la méthode de Nessler, application au dosage d’un engrais commercial.
• Bilan en azote oxydé : dosage des nitrites par la méthode à la sulfanilamide, dosage des nitrates après réduction en nitrites sur Cd activé. Application au dosage d’un engrais commercial.
• Dosages colorimétriques du phosphore : utilisation de deux méthodes colorimétriques complémentaires, application au dosage des phosphates et du phosphore total au dosage d’un engrais commercial.
• Etude de la pollution carbonée d’une eau : indice permanganate, demande chimique en oxygène, et carbone organique total. Application aux eaux d’entrée ou de sortie de la mini-station d’épuration.

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Presentation of the objectives of the course

Overview on high-throughput sequencing (methods, equipment, trends,..)

Student article presentations to illustrate some applications of high-throughput sequencing

Analysis of raw data sets in tutoring (16s metagenomic data analysis)

Teaching strategies: Supervised project, seminars

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