Microbiologie : Cycles biogéochimiques

  • ECTS

    4 crédits

  • Composante

    Collège Sciences et Technologies pour l’Energie et l’Environnement (STEE)

Description

1-     Concepts introductifs

Notions de boucle microbienne, chaîne trophique, flux entre les compartiments, étapes clés d’un cycle biogéochimique

2-     Cycle du carbone

Présentation et illustration au travers d’exemples, cycle du carbone dans différents environnements

3-     Cycle de l’azote

         Assimilation et production des composés azotés, cycle dans écosystèmes naturels

4-     Cycle du soufre

         Production des sulfures et sulfates, cycle dans écosystèmes naturels

5-     Cycle des métaux

Cycle du fer et du manganèse

6-     Cycle du phosphore

Applications, exemple milieu marin

Les cours abordent les notions et concepts sur le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques.

Ces notions sont également abordées par l’étude de cas et analyses de publications, dont la préparation et le rendu oral seront l’objet du contrôle continu de l’UE. La réflexion autour des notions et concepts acquis, ainsi que l’esprit critique et de synthèse, seront évalués par un examen écrit.

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Objectifs

À la fin de cette UE, vous serez capable de :

  • Avoir les connaissances théoriques sur les métabolismes microbiens intervenant dans les cycles du carbone, de l’azote, du soufre, des métaux et du phosphore
  • Présenter et synthétiser le rôle des microorganismes impliqués dans le cycle de ces éléments en abordant les différentes étapes de leur intervention ainsi que leur diversité taxonomique et fonctionnelle
  • Mobiliser les connaissances théoriques sur les métabolismes microbiens pour les associer au fonctionnement de l'écosystème et pour analyser des données expérimentales
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Heures d'enseignement

  • Microbiologie : Cycles biogéochimiques - CMCours Magistral19,5h
  • Microbiologie : Cycles biogéochimiques - TDTravaux Dirigés12h

Pré-requis obligatoires

Concepts abordés en Microbiologie 2 (L2), Ecologie microbienne (L3), Harmonisation pré-requis biologie (S1)

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Contrôle des connaissances

1er session :

  • 50% contrôle continu écrit
  • 50% oral

2ème session : examen écrit

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Compétences acquises

Compétences

Niveau d'acquisition

Communication spécialisée pour le transfert de connaissancesIdentifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation2 - Application
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et en anglais2 - Application
Appui à la transformation en contexte professionnelAnalyser ses actions en situation professionnelle, s'autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité1 - Notion
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisésMobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l'avant-garde du savoir dans le domaine de la chimie et/ou la microbiologie de l'environnement comme base d'une pensée originale1 - Notion
Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine de la chimie et/ou de la microbiologie de l'environnement1 - Notion
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines (chimie, microbiologie, environnement)1 - Notion
Les microorganismes dans l'environnement , des ecosystèmes naturels à fortement anthropisés : identification/fonctions/ressources Connaissance des applications de la microbiologie dans les domaines de l'environnement, de l'agronomie et des biotechnologies2 - Application
Maîtriser la physiologie des microorganismes dans les environnements naturels pour inférrer l'incidence de leur activité dans les écosystèmes2 - Application