This course will allow students to acquire good knowledge of fundamental and advance statistical tools in biology and microbial ecology and to learn how to implement statistical analysis with the software R. The course will be organized as follows: 

• Generalized linear models 
• Experimental designs with ANOVAs. 
• Multivariate analysis (PCA, FA, PCoA, Hierarchical clustering) 
• Multivariate regressions (PerMANOVA, CCA, RDA) 
• Introduction to the analysis of microbial diversity. 

Students will also be required to complete a project for which they will analyze a dataset from the scientific literature and give a 20 minutes oral presentation on how they managed to analyze the data using the techniques they will have seen during the semester. 

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Students will gain knowledge on environmental applications of microbial metabolism. It will be addressed by some examples of biodegradation and biotransformation of organic and metallic compounds, the application of the microbial metabolic capacities as an environmental tool, and bio-depollution and / or bioremediation tools. Students will design a project, based on a bibliographic study.

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Students will gain knowledge on environmental applications of microbial metabolism. It will be addressed during conferences showing some examples of the application of the microbial metabolic capacities as an environmental tool, and bio-depollution and / or bioremediation tools. Students will write a synthesis report based on contents addressed in conferences and supported by a bibliographic research.

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Recent molecular biology tools and their applications:
through conferences,
through a supervised bibliographic project including case studies on current issues.
Laboratory project.
Company visit.

Teaching strategies: Conferences, Directed publication research and Supervised project, Supervised project and experiments

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Based on scientific article presentations, the students will acquire:

• knowledge on up to date molecular methods for the study of metagenomes, metagenomic and metranscriptomic approaches;
• Applications for the environment: microbial biomarkers and bioindicators for monitoring bio-rehabilitation processes.

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Consideration in the development of Live Biotherapeutic Products

Regulation considerations

Live Biotherapeutic Products in human health: researches status

Live Biotherapeutic Products in plant health:  Research and application status

Teaching strategies: Conferences, Directed publication research and Supervised project,

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Introduction into proteomics and the related modern analytical methods (including proteomic mass spectrometry) for proteome analysis of biological organisms. Brief introduction into DNA sequencing, genomics and the related analytical methods. Hot topics will be integrated such as corona virus sequencing and Covid-19 tests.

The following topics are covered:

• Peptides and proteins; their structure and functions; post-translational modifications
• DNA sequencing and genomics
• The proteomic workflow
• Sample preparation (fractionation, centrifugation, extraction, interferences, denaturation, reduction, alkylation, enzymatic digestion etc.)
• Peptide and protein separation methods, gel electrophoresis
• Proteomic mass spectrometry (ESI and MALDI, high resolution mass analyzers, tandem mass spectrometry, collision induced fragmentation)
• Data treatment (fingerprint, peptide and protein sequencing, de novo sequencing)
• Data bases
• Bottom-up and top-down approaches
• Exercises: analyses of spectra, peptide sequencing

Analysis, presentation and discussion of scientific articles

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Présentation du concept de cycles et des sources et puits de polluants, des cycles aquatiques et atmosphériques, des cycles continentaux et du transport colloïdal. Illustrations via des études de cas.

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Presentation of the concept of cycles and sources and sinks of pollutants, aquatic and atmospheric cycles, continental cycles and colloidal transport. Illustrations through case studies.

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Sommaire des travaux pratiques :

• Suivi d’un pilote à boues activées : bilan de fonctionnement au niveau physico-chimique et biologique,
• Suivi de la dégradation d’une charge organique dans un réacteur biologique anaérobie (méthaniseur

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• La métrologie : définition, organisation
• Assurance qualité pour l’analyse : Principes généraux.
• Validation des méthodes analytiques au laboratoire: blancs, dopages, échantillons de contrôle qualité, étalons et  matériaux de référence
• Validation externe : Cartes de contrôle, essais interlaboratoires
• Accréditation

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• Metrology : definition, organization
• General principles of quality assurance for analysis
• Laboratory validation of analytical techniques (blanks, spike, quality
• control samples, Reference materials and standards…)
• External validation: control charts, proficiency testing
• Accreditation

Plenary lectures and workgroup on publications illustrating the different items to prepare an oral presentation

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Présentation des concepts de spéciation et fractionnement, et des méthodes et techniques permettant d’aborder ces deux volets

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Presentation of the concepts of speciation and fractionation, and the methods and techniques for dealing with these two aspects

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• Elaboration d'un diaporama servant de support à une présentation scientifique. 
• Apprentissage de vocabulaire de spécialité. 
• Présentation orale de documents en rapport avec la spécialité 

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1-En présentiel : management des processus

Cours

• Présentation d’une démarche de management qualité/environnementale (processus),
• Présentation simplifiée des référentiels associés,
• Présentation d’exemples illustratifs,
• Présentation d’outils d’analyse systémique, d’amélioration (audits, etc.)

TD

• TD par groupe : description complète d’une activité et de son pilotage, avec analyse des risques associés,
• Présentation aux autres groupes et discussion

2-En présentiel : analyse fonctionnelle et de la valeur

Cours

• Présentation d’une démarche d’analyse
• Présentation des référentiels associés,
• Présentation d’exemples illustratifs,

TD

• TD par groupe : mise en œuvre du processus d’analyse à travers un produit jusqu’aux solutions techniques de réponse aux fonctions identifiées,
• Présentation aux autres groupes et discussion

3-En présentiel, à chaque séance

• Questions / réponses par rapport au contenu des séances précédentes.

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Introduction into imaging techniques with a focus of those techniques and expertise, which are available at UPPA, presented by six experts working in UPPA labs. Applications from recent research projects will be discussed.

The following topics are covered:

• Light and electron microscopy
• Secondary ion mass spectrometry: ToF-SIMS and NanoSIMS
• X-ray techniques: X-ray tomography and Synchrotron radiation X-ray techniques
• Neutron tomography
• Laser Ablation with Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry (LA ICPMS)
• Principles and different modes of the techniques
• Challenges for sample preparation
• Data acquisition and data treatment

Visiting of the different imaging techniques and laboratories at UPPA.

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Sommaire du cours :

• Notions fondamentales en droit de l’environnement et ICPE
• Le management environnemental en entreprise : principes généraux, présentation et mise en œuvre de la norme ISO 14001
• Présentation des métiers HSE : prévention et surveillance de la pollution atmosphérique, protection des milieux aquatiques, les déchets, prévention et surveillance des nuisances sonores et des vibrations.

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Cette unité enseignement est menée en étroite collaboration avec l’APESA, centre technologique au service de la transition écologique. Il est proposé aux étudiants, dans le cadre de ce module, de travailler en autonomie sur des sujets concrets de problématiques environnementales, un référent de l’APESA étant associé à chacun des sujets. Sur une période d’environ 3 mois (de mi-octobre à mi-janvier approximativement), les étudiants auront à :

• Rechercher les documents scientifiques sur la thématique traitée
• Rédiger un document technique de synthèse
• Restituer oralement le travail effectué

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