Microbiologie environnementale

  • ECTS

    4 crédits

  • Composante

    Collège Sciences et Technologies pour l’Energie et l’Environnement (STEE)

  • Volume horaire

    39h

Description

Description du cours et modalités pédagogiques : 

  

Depuis l’apparition de la vie unicellulaire sur la Terre, les microorganismes ont pu coloniser la plupart des écosystèmes terrestres de l’atmosphère jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur dans la croute terrestre. Les microorganismes sont à la base des chaines alimentaires. Ils participent au recyclage de la matière et aux grands cycles biogéochimiques. Les buts de cette UE seront de comprendre les techniques d’études de ces microorganismes dans l’environnement, de comprendre le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques et de comprendre les interactions entre ces microorganismes mais également avec leur hôte (plante, animal) avec un focus sur l’écosystème microbien de l’Homme. 

Plan du cours : 

 

1- Introduction 

1.1 Buts de l’écologie microbienne 

1.2 Fonctions des microorganismes  

1.3 Procaryotes : la majorité silencieuse 

 

2- Qu’est-ce que l’écologie ? 

2.1 Niveaux inférieurs d’organisation du vivant 

2.2 Niveaux supérieurs d’organisation du vivant 

2.3 Les niveaux d’étude de l’écologie 

2.4 Les domaines d’étude de l’écologie 

2.5 Notion de facteur écologique 

2.6 Valence écologique et aire de répartition des microorganismes 

2.7 La notion d’espèce en microbiologie 

 

3- Etude de la biodiversité microbienne 

3.1 Echantillonnage 

3.2 Microscopie 

3.3 Cytométrie de flux 

3.4 Sélection et isolements 

3.5 Méthodes moléculaires 

3.6 Autres méthodes 

 

4- Application aux tapis microbiens 

4.1 Utilisation d’inhibiteurs 

4.2 Fractionnement isotopique 

4.3 Indices de diversité 

 

5- Cycles biogéochimiques 

5.1 Chaines alimentaires et boucle microbienne 

5.2 Carbone 

5.3 Azote 

5.4 Soufre 

5.5 Phosphore 

5.6 Métaux 

 

6- Interactions entre les microorganismes 

6.1 Introduction 

6.2 Neutralisme 

6.3 Amensalisme 

6.4 Prédation 

6.5 Compétition 

6.6 Parasitisme 

6.7 Commensalisme 

6.8 Coopération 

6.9 Mutualisme 

 

7- Le microbiote humain 

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Objectifs

À la fin de cette UE, vous serez capable de :  

  • Avoir les connaissances de base en microbiologie environnementale. 
  • Avoir les connaissances théoriques des techniques classiques de microbiologie environnementale. 
  • Analyser, comprendre et expliquer une publication de recherche. 
  • Mobiliser les connaissances théoriques en microbiologie environnementale pour traiter une problématique environnementale. 
  • Exposer des résultats scientifiques à un auditoire. 
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Heures d'enseignement

  • Microbiologie environnementale - CMCours Magistral27h
  • Microbiologie environnementale - TDTravaux Dirigés12h

Pré-requis nécessaires

 UE Macromolécules L1, UE Ecologie et Ecosystèmes L1, Microbiologie 1 L1, Biologie Moléculaire L2, Microbiologie 2 L3 s5 

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Contrôle des connaissances

1er session : contrôle continu écrit/oral

2ème session : examen écrit

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Compétences visées

Analyser en se reposant sur un socle de connaissances scientifiques 

Développer un esprit critique sur des données expérimentales 

Niveau N 

Relier un phénomène macroscopique aux processus microscopiques 

Niveau N 

Mobiliser les concepts disciplinaires fondamentaux pour traiter une problématique du domaine ou analyser un document de recherche ou de présentation. 

Niveau A 

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