ECTS
6 crédits
Composante
Collège Sciences et Technologies pour l’Energie et l’Environnement (STEE)
Volume horaire
43,5h
Description
Presentation of the objectives of the course
Overview on high-throughput sequencing (methods, equipment, trends,..)
Student article presentations to illustrate some applications of high-throughput sequencing
Analysis of raw data sets in tutoring (16s metagenomic data analysis)
Teaching strategies: Supervised project, seminars
Objectifs
At the end of this course, you will be able to:
- Analyse metagenomic data generated through untargeted approaches (e.g. 16S, 18S amplicons data) with any tools dedicated to this type of analysis.
- Understand the main steps of untargeted metagenomic analyse and know some tools dedicated to such analysis
- Understand the main steps of transcriptomics and metatranscriptomic analysis.
Importantly this course aims at give you the knowledge necessary to exploit the information generated by high-throughput sequencing in order to be able to adapt to the permanent evolution of the discipline.
Training that complements classical molecular biology approaches, allowing the exploration, through the use of bioinformatics tools, of the vast source of data generated by "omics" methods.
Heures d'enseignement
- Bioinformatics : metagenomic and transcriptomic analyses - CMCours Magistral16,5h
- Bioinformatics : metagenomic and transcriptomic analyses - TDTravaux Dirigés27h
Contrôle des connaissances
1er session : 30% oral + 70% écrit
2ème session : rapport
Compétences acquises
Compétences | Niveau d'acquisition | |
|---|---|---|
| Communication spécialisée pour le transfert de connaissances | Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation | x |
| Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et en anglais | x | |
| Usages avancés et spécialisés des outils numériques | Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur les domaines de la chimie, microbiologie et de l'environnement | x |
| Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche de la chimie, microbiologie et de l'environnement | x | |
| Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés | Développer une conscience critique des savoirs dans le domaine de la chimie et/ou de la microbiologie de l'environnement | x |
| Les microorganismes dans l'environnement , des ecosystèmes naturels à fortement anthropisés : identification/fonctions/ressources | Proposer des analyses microbiologiques pertinentes pour répondre à une problèmatique environnementale | x |
| Gestion de projet | x | |
| Respect des règles d'hygiène et sécurité, de traçabilité, de probité intellectuelle et de propriété industrielle | x | |
