Approfondissement de connaissances en biologie moléculaire :  

• CONFORMATION DES GENOMES 

Complexité des génomes procaryotes et eucaryotes 

Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux 

Réplication des génomes 

Topoisomérases 

Régulation de la réplication 

• ORGANISATION DES GENOMES 

Structure des gènes chez les organismes procaryotes et eucaryotes 

Expression des gènes 

Régulation de l'expression génique chez les organismes procaryotes et eucaryotes 

• PLASTICITE GENOMIQUE 

Eléments mobiles 

             Plasmides 

            Transposons 

            Intégrons 

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• Cellules et organes du système immunitaires
• Structure et fonction des immunoglobulines
• Le complexe majeur d’histocompatibilité
• Le système du complément
• Génétique du système HLA et des immunoglobulines
• La réponse immune
• Techniques d’immunologie

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Après quelques rappels d’écologie générale, la population est décrite de par sa structuration mais aussi de par l’évolution de ses effectifs dans le temps. Cette dynamique peut être caractérisée par des modèles simples jusqu’à des modèles plus complexes qui prennent en compte diverses interactions comme la prédation ou la compétition. L’enjeu est de pouvoir prédire le comportement des effectifs d’une population dans le temps à partir de données initiales et de paramètres intrinsèques à la population ou de paramètres environnementaux. 

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Cette UE obligatoire vise à développer les différentes compétences langagières définies par le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).

Pour ce sixième semestre l’accent sera mis sur l’expression orale (et écrite en fonction du niveau CECRL de l’étudiant).

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L’unité d’enseignement de génétique des populations apportent les bases indispensables à la compréhension du fonctionnement génétique des populations.  

Il comprend des cours magistraux et des travaux dirigés couvrant : 

• Fréquences alléliques, loi de Hardy-Weinberg, fréquences des hétérozygotes, structure génétique. 
• Evolution moléculaire : déséquilibre de liaison, théorie neutraliste de l’évolution moléculaire, sélection, auto-stop.  
• Pressions évolutives : mutation, dérive génétique, migration, sélection  
• Subdivision des populations et statistiques F (statistique de Wright, effet Walhund). 

• Spéciation

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

 
Dans cette UE l’étudiant travaillera en équipe de 2 à 4 étudiants autour d’une problématique scientifique simple. Après une phase de recherche bibliographique, cette problématique débouchera sur un travail personnel dont la nature peut varier : observation et description d’objets naturels ou artificiels, traitement de données, mise en évidence de phénomènes, expérimentation, modélisation, simulation etc. Ce travail réalisé en autonomie doit suivre une démarche scientifique quantitative permettant d’avoir un regard critique sur la production réalisée avec un minimum de moyens. L’évaluation aura lieu sous la forme d’une soutenance orale individuelle, complétée par une fiche de synthèse. 

Cette UE a pour objectif la valorisation des compétences pratiques et de l’autonomie de l’étudiant vis-à-vis d’une démarche scientifique quantitative tout en développant un recul critique sur la démarche développée. Les capacités de communication lors de la soutenance et au sein du groupe seront également développées pour mener à bien ce travail. 

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Description du cours et modalités pédagogiques :

Le stage s’effectue de début avril à fin mai (8 semaines minimum) mais peut s’étendre jusqu’à fin août (24 semaines). Il se déroule en France ou à l’étranger, dans une structure d’accueil privée, publique ou parapublique avec laquelle une convention de stage est signée.

L’étudiant est mis en situation de recherche d’emploi : il effectue l’ensemble des démarches, depuis la recherche de l’entreprise d’accueil jusqu’à la signature de la convention. Il est immergé dans le monde professionnel de 8 à 24 semaines et peut établir ses premiers contacts professionnels.

Cette UE est ouverte aux étudiants des parcours BCM et BGST. Pour ces derniers, il fortement recommander d’effectuer le stage au sein d’un établissement scolaire essentielle pour les étudiants de L3 qui souhaite poursuivre leurs études en Master MEEF.

IMPORTANT : Le stage de L3 compte pour un total de 6 ECTS avec 2 ECTS de l’UE stage professionnel et 4 ECTS de l’UE outils bibliographiques – projet. Il est donc impératif de s’inscrire aux deux UE pour pouvoir valider la totalité des ECTS.

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Description du cours et modalités pédagogiques :

Cette UE est associée à l’UE stage professionnel et vient sanctionner l’évaluation du stage par le rapport de stage et la présentation orale. Le but de cette UE est donc de familiariser les étudiants avec la rédaction d’un rapport de stage scientifique ou pédagogique en suivant les consignes de rédaction transmises par l’équipe pédagogiques. L’es étudiants vont également avoir l’opportunité de défendre leur stage par une présentation orale qui aura lieu environ une semaine après la fin du stage.

Cette UE est ouverte aux étudiants des parcours Biologie Cellulaire et Moléculaire (BCM) et parcours Biologie Générale et Sciences de la Terre (BGST). Pour les étudiants se destinant aux métiers de l’enseignementPour ces derniers, il fortement recommanderé que le stage soit effectué au sein d’un établissement scolaire. Un apport de connaissances sur le système éducatif et le métier d’enseignant sera apporté avant le stage.

IMPORTANT : Le stage de L3 compte pour un total de 6 ECTS avec 2 ECTS de l’UE stage professionnel et 4 ECTS de l’UE outils bibliographiques – projet. Il est donc impératif de s’inscrire aux deux UE pour pouvoir valider la totalité des ECTS.

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Depuis l’apparition de la vie unicellulaire sur la Terre, les microorganismes ont pu coloniser la plupart des écosystèmes terrestres de l’atmosphère jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur dans la croute terrestre. Les microorganismes sont à la base des chaines alimentaires. Ils participent au recyclage de la matière et aux grands cycles biogéochimiques. Les buts de cette UE seront de comprendre les techniques d’études de ces microorganismes dans l’environnement, de comprendre le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques et de comprendre les interactions entre ces microorganismes mais également avec leur hôte (plante, animal) avec un focus sur l’écosystème microbien de l’Homme. 

Plan du cours : 

1- Introduction 

1.1 Buts de l’écologie microbienne 

1.2 Fonctions des microorganismes  

1.3 Procaryotes : la majorité silencieuse 

2- Qu’est-ce que l’écologie ? 

2.1 Niveaux inférieurs d’organisation du vivant 

2.2 Niveaux supérieurs d’organisation du vivant 

2.3 Les niveaux d’étude de l’écologie 

2.4 Les domaines d’étude de l’écologie 

2.5 Notion de facteur écologique 

2.6 Valence écologique et aire de répartition des microorganismes 

2.7 La notion d’espèce en microbiologie 

3- Etude de la biodiversité microbienne 

3.1 Echantillonnage 

3.2 Microscopie 

3.3 Cytométrie de flux 

3.4 Sélection et isolements 

3.5 Méthodes moléculaires 

3.6 Autres méthodes 

4- Application aux tapis microbiens 

4.1 Utilisation d’inhibiteurs 

4.2 Fractionnement isotopique 

4.3 Indices de diversité 

5- Cycles biogéochimiques 

5.1 Chaines alimentaires et boucle microbienne 

5.2 Carbone 

5.3 Azote 

5.4 Soufre 

5.5 Phosphore 

5.6 Métaux 

6- Interactions entre les microorganismes 

6.1 Introduction 

6.2 Neutralisme 

6.3 Amensalisme 

6.4 Prédation 

6.5 Compétition 

6.6 Parasitisme 

6.7 Commensalisme 

6.8 Coopération 

6.9 Mutualisme 

7- Le microbiote humain 

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Cette UE a pour objectif la présentation des milieux de sédimentation détritique depuis la source (Continental) à la plaine abyssale (Marin), ainsi que la dynamique des écoulements responsables de la mise en place de ces environnements sédimentaires.

Le cours présente les différents milieux de sédimentation fluviatiles, mixtes et marins, des travaux pratiques illustrent ce cours afin d'apprendre à reconnaître les différents types de faciès et milieux de dépôts.

Le cours portera ensuite sur les paramètres régissant la formation des bassins sédimentaires (subsidence, eustatisme, apports sédimentaires). Les notions de stratigraphie sismique et séquentielle sont abordées.

La dernière partie portera sur la caractérisation physique des écoulements et processus.

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Description du cours et modalités pédagogiques :

La démarche est basée sur une approche de terrain permettant de pratiquer la détermination d’espèces notamment en botanique et les premières notions d’écosystèmes par le prisme de l’écologie végétale.

La démarche permet de mobiliser les connaissances de biologie végétale acquises lors des deux premières années de licence : vocabulaire anatomique, cycle de développement etc pour les végétaux sans fleur et avec fleur. Ceci pour décrire et classifier les spécimens observés in situ. La pratique sur le terrain permet également d’aborder la notion d’écosystèmes au travers de la caractérisation des végétaux ainsi que les adaptations morphologiques nécessaires.

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Solutions Aqueuses : structure de la molécule d’eau et propriétés de l’eau.  

Structure des protéines. 

Stabilité des protéines.  

Repliement des protéines : chaperons et autres assistants du repliement. 

Oxydation des protéines 

Dégradation des protéines. 

Enzymologie approfondie. 

    -Vitesse de réaction, loi de vitesse et ordre de la réaction, théorie de l’état de transition. 

    -Réactions à deux substrats.  

    -Régulation de l’activité enzymatique. 

Transport à travers les membranes.  

La phosphorylation oxydative. 

Cours magistraux, TD et TP 

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