1-     Concepts introductifs

Notions de boucle microbienne, chaîne trophique, flux entre les compartiments, étapes clés d’un cycle biogéochimique

2-     Cycle du carbone

Présentation et illustration au travers d’exemples, cycle du carbone dans différents environnements

3-     Cycle de l’azote

         Assimilation et production des composés azotés, cycle dans écosystèmes naturels

4-     Cycle du soufre

         Production des sulfures et sulfates, cycle dans écosystèmes naturels

5-     Cycle des métaux

Cycle du fer et du manganèse

6-     Cycle du phosphore

Applications, exemple milieu marin

Les cours abordent les notions et concepts sur le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques.

Ces notions sont également abordées par l’étude de cas et analyses de publications, dont la préparation et le rendu oral seront l’objet du contrôle continu de l’UE. La réflexion autour des notions et concepts acquis, ainsi que l’esprit critique et de synthèse, seront évalués par un examen écrit.

À la fin de cette UE, vous serez capable de :

• Avoir les connaissances théoriques sur les métabolismes microbiens intervenant dans les cycles du carbone, de l’azote, du soufre, des métaux et du phosphore
• Présenter et synthétiser le rôle des microorganismes impliqués dans le cycle de ces éléments en abordant les différentes étapes de leur intervention ainsi que leur diversité taxonomique et fonctionnelle
• Mobiliser les connaissances théoriques sur les métabolismes microbiens pour les associer au fonctionnement de l'écosystème et pour analyser des données expérimentales

Concepts abordés en Microbiologie 2 (L2), Ecologie microbienne (L3), Harmonisation pré-requis biologie (S1)

1er session :

• 50% contrôle continu écrit
• 50% oral

2ème session : examen écrit