ECTS
2 crédits
Composante
Collège Sciences et Technologies pour l’Energie et l’Environnement (STEE)
Volume horaire
18h
Description
Introduction into proteomics and the related modern analytical methods (including proteomic mass spectrometry) for proteome analysis of biological organisms. Brief introduction into DNA sequencing, genomics and the related analytical methods. Hot topics will be integrated such as corona virus sequencing and Covid-19 tests.
The following topics are covered:
- Peptides and proteins; their structure and functions; post-translational modifications
- DNA sequencing and genomics
- The proteomic workflow
- Sample preparation (fractionation, centrifugation, extraction, interferences, denaturation, reduction, alkylation, enzymatic digestion etc.)
- Peptide and protein separation methods, gel electrophoresis
- Proteomic mass spectrometry (ESI and MALDI, high resolution mass analyzers, tandem mass spectrometry, collision induced fragmentation)
- Data treatment (fingerprint, peptide and protein sequencing, de novo sequencing)
- Data bases
- Bottom-up and top-down approaches
- Exercises: analyses of spectra, peptide sequencing
Analysis, presentation and discussion of scientific articles
Objectifs
At the end of this course you will be able to :
- Biochemical knowledge on peptides and proteins, knowledge in analytical chemistry on modern proteomic methods, basic knowledge on DNA sequencing
- Interpretation of mass spectra of peptides and proteins; peptide sequencing
- Interpretation, presentation, discussion and criticism of scientific articles
Heures d'enseignement
- Biological Macromolecules Characterization - CMCours Magistral9h
- Biological Macromolecules Characterization - TDTravaux Dirigés9h
Contrôle des connaissances
1st: continuous assessment :
- 50% final exam : analyze an article
- 50% oral presentation
2nd : written exam about the lesson
Compétences acquises
Compétences | Niveau d'acquisition | |
---|---|---|
Communication spécialisée pour le transfert de connaissances | Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation | 2 - Application |
Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et en anglais | 2 - Application | |
Appui à la transformation en contexte professionnel | Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d'équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires (biologie, chimie) dans un cadre collaboratif | 2 - Application |
Usages avancés et spécialisés des outils numériques | Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche de la chimie, microbiologie et de l'environnement | 1 - Notion |
Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés | Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l'avant-garde du savoir dans les domaines de l'environnement et/ou de la chimie et/ou la microbiologie de l'environnement comme base d'une pensée originale | 2 - Application |
Développer une conscience critique des savoirs dans les domaines de l'environnement et/ou de la chimie et/ou de la microbiologie de l'environnement | 2 - Application | |
Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines (chimie, microbiologie, environnement) | 2 - Application | |
Apporter des contributions novatrices dans le cadre d'échanges de haut niveau, et dans des contextes internationaux | 1 - Notion | |
Compétences spécifiques domaine d'application Chimie analytique | Connaître l'ensemble de la chaîne analytique : du prélèvement de l'échantillon à l'édition du résultat | 2 - Application |
Anticiper l'influence des différents paramètres opératoires associés aux méthodes séparatives, spectroscopiques, physico-chimiques, optiques, mécaniques, nucléaires, au prélèvement, conservation et traitement d'échantillons, au traitement statistique des données multiples associées | 2 - Application | |
Rechercher, définir et mettre en œuvre, en fonction de chaque problème particulier, la méthode d'analyse adaptée | 2 - Application | |
Exploiter et interpréter les données issues de méthodes physico-chimiques d'analyse mises en œuvre dans des secteurs d'activités tels que la santé, l'agroalimentaire ou l'environnement, etc | 2 - Application | |
Justifier une décision à partir des connaissances en physicochimie en lien avec les domaines d'applications | 1 - Notion |