Introduction into proteomics and the related modern analytical methods (including proteomic mass spectrometry) for proteome analysis of biological organisms. Brief introduction into DNA sequencing, genomics and the related analytical methods. Hot topics will be integrated such as corona virus sequencing and Covid-19 tests.

The following topics are covered:

• Peptides and proteins; their structure and functions; post-translational modifications
• DNA sequencing and genomics
• The proteomic workflow
• Sample preparation (fractionation, centrifugation, extraction, interferences, denaturation, reduction, alkylation, enzymatic digestion etc.)
• Peptide and protein separation methods, gel electrophoresis
• Proteomic mass spectrometry (ESI and MALDI, high resolution mass analyzers, tandem mass spectrometry, collision induced fragmentation)
• Data treatment (fingerprint, peptide and protein sequencing, de novo sequencing)
• Data bases
• Bottom-up and top-down approaches
• Exercises: analyses of spectra, peptide sequencing

Analysis, presentation and discussion of scientific articles

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1-En présentiel : management des processus

Cours

• Présentation d’une démarche de management qualité/environnementale (processus),
• Présentation simplifiée des référentiels associés,
• Présentation d’exemples illustratifs,
• Présentation d’outils d’analyse systémique, d’amélioration (audits, etc.)

TD

• TD par groupe : description complète d’une activité et de son pilotage, avec analyse des risques associés,
• Présentation aux autres groupes et discussion

2-En présentiel : analyse fonctionnelle et de la valeur

Cours

• Présentation d’une démarche d’analyse
• Présentation des référentiels associés,
• Présentation d’exemples illustratifs,

TD

• TD par groupe : mise en œuvre du processus d’analyse à travers un produit jusqu’aux solutions techniques de réponse aux fonctions identifiées,
• Présentation aux autres groupes et discussion

3-En présentiel, à chaque séance

• Questions / réponses par rapport au contenu des séances précédentes.

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Sommaire du cours :

• Notions fondamentales en droit de l’environnement et ICPE
• Le management environnemental en entreprise : principes généraux, présentation et mise en œuvre de la norme ISO 14001
• Présentation des métiers HSE : prévention et surveillance de la pollution atmosphérique, protection des milieux aquatiques, les déchets, prévention et surveillance des nuisances sonores et des vibrations.

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Cette unité enseignement est menée en étroite collaboration avec l’APESA, centre technologique au service de la transition écologique. Il est proposé aux étudiants, dans le cadre de ce module, de travailler en autonomie sur des sujets concrets de problématiques environnementales, un référent de l’APESA étant associé à chacun des sujets. Sur une période d’environ 3 mois (de mi-octobre à mi-janvier approximativement), les étudiants auront à :

• Rechercher les documents scientifiques sur la thématique traitée
• Rédiger un document technique de synthèse
• Restituer oralement le travail effectué

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Lecture, résumé et commentaire de plusieurs types de documents scientifiques et techniques : publication, rapport, norme et mode d’emploi

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Reading, summarising and commenting on several types of scientific and technical documents: publications, reports, standards and instructions for use

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Introduction into imaging techniques with a focus of those techniques and expertise, which are available at UPPA, presented by six experts working in UPPA labs. Applications from recent research projects will be discussed.

The following topics are covered:

• Light and electron microscopy
• Secondary ion mass spectrometry: ToF-SIMS and NanoSIMS
• X-ray techniques: X-ray tomography and Synchrotron radiation X-ray techniques
• Neutron tomography
• Laser Ablation with Inductively Coupled Plasma Mass Spectrometry (LA ICPMS)
• Principles and different modes of the techniques
• Challenges for sample preparation
• Data acquisition and data treatment

Visiting of the different imaging techniques and laboratories at UPPA.

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• Elaboration d'un diaporama servant de support à une présentation scientifique. 
• Apprentissage de vocabulaire de spécialité. 
• Présentation orale de documents en rapport avec la spécialité 

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Students will gain knowledge on environmental applications of microbial metabolism. It will be addressed by some examples of biodegradation and biotransformation of organic and metallic compounds, the application of the microbial metabolic capacities as an environmental tool, and bio-depollution and / or bioremediation tools. Students will design a project, based on a bibliographic study.

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