Accès santé (LAS)

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

De l'origine de la vie jusqu'à aujourd'hui, les êtres vivants ont évolué et se sont grandement diversifiés. Cette UE propose de s'intéresser aux grands concepts et mécanismes de l'évolution, aux grandes théories de l'évolution jusqu'à la caractérisation de la diversité des êtres vivants. Les objectifs de l’EC Evolution sont de donner les clés de compréhension des processus tels que la sélection naturelle de Darwin afin d'appréhender les histoires évolutives des êtres vivants et de comprendre la logique de leur classification proposée dans l’EC Diversité (domaine du vivant : bactérie, archées, eucaryotes-protistes végétaux, fungi, animaux...). Il sera aussi proposé une mise en contexte historique pour comprendre le cheminement de ces concepts et la mise en pratique d'outils pour caractériser et mesurer les traits évolutifs. 

Le cours sera divisé en trois partie principales : 

• Des repères historiques qui montrent le cheminement des concepts liés aux théories de l’évolution 
• Comment montrer qu’il y a évolution, faits, expériences indices qui conduisent aux théories 
• Mécanismes, interprétations et explications des processus à l’origine des théories de l’évolution 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Dans la prolongation de l’EC Evolution, cette UE propose d’aborder la diversité résultant des processus évolutifs. Les principes et l’histoire de la classification du vivant seront abordés afin de comprendre le cadre épistémologique permettant d’appréhender la diversité. Différentes méthodes de la systématique phylogénétique seront explorées et comparées lors des travaux dirigés. Dans un second temps on donnera un aperçu de la diversité du vivant au cours des temps géologiques depuis l’origine du vivant jusqu’aux grand domaines actuels. Des exemples d’Eucaryotes unicellulaires notamment parasites ou ayant une importance écologique particulière seront abordés. Enfin cette UE constituera par ailleurs une introduction aux UE du second semestre : Microbiologie, Biologie végétale et Biologie animale. 

Chapitre 1 – Classer le vivant 

Chapitre 2 – Histoire de la vie sur Terre  

Chapitre 3 – Les grands ensembles du vivant 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Cette UE a pour but de présenter les bases de l’organisation des cellules, structures fondamentales du vivant. 

• Définition du vivant et importance de la cellule. Méthodes microscopiques. Génome, expression génique, protéines 
• Cellule procaryote : définitions, morphologies, génome, paroi cellulaire, composants externes de la paroi cellulaire, membrane plasmique, cytoplasme 
• Cellule eucaryote : caractéristiques et spécialisations de la membrane plasmique, endo et exocytose 
• Noyau des cellules eucaryotes : organisation nucléosomique, réplication des chromosomes, transcription chez les eucaryotes 

• Reticulum endoplasmique, synthèse et exportation des protéines et des lipides par le RE, transport vésiculaire, structure et fonction de l'appareil de Golgi, lysosomes 
• Organites semi-autonomes : structure et fonction des mitochondries et des chloroplastes 
• Cytosquelette 
• Cycles cellulaires eucaryotes (mitotique et méiotique) 

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Description du cours et modalités pédagogiques :

• Langage des formules en chimie organique :
• Représentation et structure des molécules organiques, nomenclature des composés organiques.
• Stéréochimie : structure de l'atome de carbone, structure de l'atome d'oxygène et de l'atome d'azote, représentation conventionnelle des molécules, notions de configuration et de conformation, isomérie plane, stéréoisomérie géométrique, stéréoisomérie optique.
• Effets électroniques dans les molécules organiques : effet inductif, effet mésomérie, mésomérie et réactivité.
• Réaction en chimie organique : nature des réactifs, mode de rupture des liaisons, classification des réactions, les intermédiaires réactionnels, aspects cinétiques et énergétiques des réactions en chimie organique.

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Cette UE obligatoire vise à développer les différentes compétences langagières définies par le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).

Pour ce premier semestre l’accent sera mis sur la compréhension écrite à partir de documents de vulgarisation scientifique.

Il s’agira d’approfondir les connaissances en langue anglaise tout en développant une langue à dominante scientifique au sens large. Les compétences grammaticales seront consolidées et approfondies et le vocabulaire scientifique étoffé, essentiellement à partir de documents écrits. On demandera aux étudiants de s’investir tant sur le plan de l’écrit que de l’oral dans un but d’expression la plus personnelle et spontanée possible.

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La formation vise la maîtrise des compétences de l'usage des outils numériques et bureautiques, d'internet et de travail collaboratif, indispensables           aujourd’hui pour la vie étudiante et l’activité professionnelle. En parallèle, cette formation prépare à la certification PIX.

La formation s’appuie sur un cours en ligne sur la plateforme Elearn avec des tutoriels, exercices avec correction, tests de positionnements sur PIX et forum d’échanges.

Les épreuves évalueront les connaissances mais également les savoir-faire et la capacité à identifier les enjeux du numérique.

Contenus des modules :

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

L’écologie est aujourd’hui au centre de réflexions globales et de prises de conscience sur l’évolution des sociétés modernes, des comportements individuels et du fonctionnement de notre planète. Cette UE présente les concepts d’écologie sur la structure de la biosphère et de son fonctionnement. Ses différentes composantes, populations et écosystèmes sont abordés et caractérisés. Enfin à la lumière des aspects fonctionnels de notre environnement, un décryptage des enjeux de l’écologie moderne est proposé afin d’appréhender la place de l’Homme et de l’impact de ses activités.

Le cours sera divisé en trois parties principales : 

• Les interactions de l’individu avec son environnement, notion de facteur écologie 
• Structure et fonctionnement de l’écosystème, notion de flux et de cycles biogéochimiques 

• Ecologie de la population, structuration, dynamique et interactions 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

La microbiologie est une discipline qui comprend des domaines d’étude variés que ce soit en santé, en industrie ou en écologie, et s’intéresse à de nombreux organismes et entités biologiques (virus, bactéries, champignons…). 

Une introduction générale permettra d’appréhender l’étendue de la discipline, de la découverte des microorganismes aux domaines de recherche actuels. Puis l’accent sera mis sur le monde bactérien. Les bactéries et l’Homme sont indissociables, beaucoup nous protègent, certaines sont pathogènes alors que d’autres nous sont très utiles. L’objectif de cette UE est d’apporter les connaissances nécessaires, de l’organisation de la cellule à la multiplication bactérienne, pour comprendre comment nous les étudions, les utilisons et les contrôlons. 

Le cours est organisé en 5 chapitres : 

I- Introduction à la Microbiologie 

II- La Microscopie 

III- La Cellule Bactérienne 

IV- La Croissance Bactérienne 

V- Le Contrôle des Microorganismes 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Après un rappel sur l’évolution des végétaux en relation avec les contraintes exercées par le milieu, la diversité et la classification des végétaux sans fleurs (des algues jusqu’aux gymnospermes) seront décrites, avec une attention particulière sur les structures et les modes de reproduction. La diversité et la biologie des champignons seront également abordées. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Cette UE traitera de l’ensemble du monde animal, et de sa diversité. Elle s’appuie notamment sur une description des caractéristiques propres aux grands groupes zoologiques aussi bien « invertébrés » que Vertébrés. L’étude des différents plans d’organisation sera par ailleurs complétée par des données d’ordre écologique liées au mode de vie des organismes modèles étudiés. Enfin une introduction à la biologie du développement permettra d’aborder la mise en place du plan d’organisation lors du développement embryonnaire. 

Introduction à la zoologie et principes du développement embryonnaire 

CHAP I- Les Métazoaires non-bilatériens:  

CHAP II- Les Spiraliens  

CHAP III - Les Ecdysozoaires et Euarthropodes 

CHAP IV - Les Deutérostomiens : Echniodermes, Chordés 

CHAP V - Les Vertébrés 

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Cette UE obligatoire vise à développer les différentes compétences langagières définies par le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).

Pour ce second semestre l’accent sera mis sur la compréhension écrite à partir de documents de vulgarisation scientifique et l’expression écrite.

Il s’agira d’approfondir les connaissances en langue anglaise tout en continuant à développer une langue à dominante scientifique au sens large. Les compétences grammaticales et le vocabulaire continueront à être approfondis et enrichis, essentiellement à partir de documents écrits. On demandera aux étudiants de s’investir tant sur le plan de l’écrit que de l’oral dans un but d’expression la plus personnelle et spontanée possible.

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Introduction à la géologie structurale à travers la réalisation de coupes et de cartes représentant des structures géologiques simples. L'objectif général est d'acquérir les bases de la lecture et de l'interprétation des cartes géologiques.

Ce cours permet d’aborder la lecture d’une carte topographique, d’une carte géologique, d’une image satellite, et de donner les grands principes de construction d’un profil topographique et d’une coupe géologique simplifiée.

Principes de cartographie – (C 3h - TP 18h)

• positionnement sur le globe ; GPS et projections cartographiques
• lecture des cartes topographiques
• cartes géologiques : méthode des horizontales ; analyse structurale
• réalisation d'une coupe géologique à partir de la carte

Déformation des roches et schéma structural – (C 4h 30 - TD 4h30)

• repérage d'un plan dans l’espace ; monoclinal
• notions sur les failles
• notions sur les plis
• schéma structural et représentation des structures dans un plan horizontal

Étude de cas (TP terrain 6h)

• Sédimentation et tectonique dans une chaîne de montagne : sortie terrain en vallée d'Ossau.
• Réalisation d'une coupe synthétique.

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Enseignement des bases de la biologie moléculaire afin de pouvoir aborder les enseignements plus approfondis de biologie moléculaire mais aussi de génétique et microbiologie moléculaires : 

- Nature du génome et du gène ; structure des acides nucléiques, dénaturation, hybridation, nature de l'information génétique, cartographie de restriction 

- Réplication ; séquençage, PCR 

- Transcription ; régulation : opérons lac et trp ; maturation des ARNm 

- Traduction 

Cours magistraux et TD. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Techniques en biochimie : centrifugation, chromatographie, électrophorèse. 

-Interaction ligand-protéine. 

-Enzymologie : les enzymes, les coenzymes, cinétique enzymatique. 

-Bioénergétique  

-Le catabolisme : la glycolyse, le cycle des acides tricarboxyliques, la β-oxydation, la phosphorylation oxydative. 

-L’anabolisme : biosynthèse des acides gras, biosynthèse des acides aminés. 

Cours magistraux, TD et TP 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

La première partie du cours portera sur l’étude du cytosquelette (diversité et fonctions) et le fonctionnement du cycle cellulaire (contrôle et chronologie). Puis, l’apoptose ou la mort cellulaire programmée sera abordée afin de comprendre les mécanismes impliqués. L’ensemble des connaissances acquises lors de ces deux premières parties nous permettra d’aborder l’oncogenèse 

Plan du cours : 

1- Cytosquelette 

1.1 Introduction 

1.2 Les microtubules 

1.3 Les microfilaments 

1.4 Les filaments intermédiaires 

1.5 Les drogues perturbant les cytosquelette microtubulaire 

1.6 Altérations viro-induites du cytosquelette 

1.7 Protéines motrices et microtubules 

1.8 Centrosome 

2- La division cellulaire 

2.1 Phases du cycle cellulaire 

2.2 La mitose 

2.3 La mitose, ségrégation chromosomique et mouvements intracellulaires 

3- Régulation du cycle cellulaire 

3.1 Stratégie générale du cycle cellulaire 

3.2 Protéines kinases et cyclines 

4- Mort cellulaire programmée : l’apoptose 

4.1 Introduction 

4.2 Apoptose et pathologies humaines 

4.3 Mécanismes de l’apoptose 

4.4 Activation des procaspases 

4.5 Protéines Bcl-2 et les protéines IAP (Inhibiteurs de l’apoptose) 

5- Apparition d’un cancer et ses causes 

5.1 Introduction 

5.2 Types de cancer 

5.3 Progression d’un cancer 

5.4 Causes d’un cancer 

6- Mécanismes moléculaires impliqués dans les cancers 

6.1 Gènes impliqués dans l’oncogenèse 

6.2 Comment a-t-on identifié ces gènes ? 

6.3 Mécanismes moléculaires aboutissant à l’altération de ces gènes 

6.4 Fonction de ces gènes 

7- HPV et cancer du col utérin 

8- Stade d’extension : exemple du cancer du colon 

9- Angiogenèse tumorale 

9.1 Introduction 

9.2 Mécanismes moléculaires de l’angiogenèse 

10- Invasion et dissémination tumorales 

10.1 Modèles in vitro 

10.2 Etudes in vivo 

10.3 Mécanismes moléculaires de la diffusion métastatique 

10.4 La tissu-spécificité des métastases 

11- Phase terminale 

12- Immunité anti-tumorale + thérapeutique anti-cancéreuse 

12.1 Immunité anti-tumorale 

12.2 Thérapeutique anti-cancéreuse 

Cours magistraux et TD. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Ce cours s’intéresse aux Angiospermes. A travers la description de ce groupe taxonomique il s’agit de découvrir leurs caractéristiques et de mieux comprendre comment les Angiospermes sont devenus rapidement le groupe végétal dominant et le plus divers de la flore sur terre. 

Il comprend des cours magistraux et des travaux pratiques couvrant : 

• La reproduction sexuée des Angiospermes : développement floral, morphologie florale, double fécondation, graines et fruits, notions d'embryogenèse, germination. Réflexion sur l'acquisition des caractères autorisant la complexité des appareils végétatifs et la conquête du milieu terrestre. 
• La multiplication végétative. 
• Différenciation cellulaire, notions d'organes et de tissus chez les Trachéophytes. Les méristèmes primaires et secondaires : propriétés et mode de fonctionnement. 
• Caractéristiques et rôle des tissus protecteurs, de soutien, parenchymateux, conducteurs et sécréteurs. Organisation anatomique de la racine, de la tige et de la feuille. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

 
Cette UE présente de façon détaillée le groupe zoologique des Vertébrés. Elle permettra d’établir par une approche comparée des différentes grandes fonctions et des spécificités de chaque groupe en lien avec leur histoire évolutive (passage à la prédation, sortie des eaux). L’approche descriptive de la structure des différents appareils sera complétée par l’étude de leur mise en place au cours du développement embryonnaire et leur observation lors des travaux pratiques. 

 I- Histoire évolutive des Vertébrés 

II- La mise en place du plan d’organisation (Chez Xenopus et Gallus) 

III- Ostéologie comparée 

IV- Le tégument et ses dérivés 

V- Système respiratoire et cardiovasculaire 

VI- Système nerveux et Urogénital. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Le cours a comme objectif de présenter les bases de la statistique descriptive. La notion d’estimateurs de position (ex : moyenne) et de dispersion (ex : variance) sera développée ainsi que la notion de variable aléatoire. De plus, les différentes lois majeures de la statistique seront également abordées telles que la loi normale, exponentielle, géométrique, et Poisson. L’ensemble de ces notions feront l’objet de TP sous le logiciel R permettant aux étudiants de se familiariser avec la programmation statistique. 

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L’UE Expression écrite vise à aborder les modalités et les approches nécessaires pour rédiger un rapport scientifique et ses différentes parties.

Le cours et TD reprendront les modalités d’organisation, structuration et rédaction d’un rapport scientifique. Ils aborderont (i) l’organisation et la description de la méthodologie expérimentale utilisée dans un travail scientifique, (ii) la présentation des données scientifiques sous forme de figures et tableaux, (iii) la description et l’interprétation des données, et (iv) la présentation des conclusions et discussions scientifiques.

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Cette UE obligatoire vise à développer les différentes compétences langagières définies par le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).

Pour ce troisième semestre l’accent sera mis sur la compréhension écrite à partir de documents de vulgarisation scientifique, l’expression écrite et la compréhension de l’oral.

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L’UE Expression écrite vise à aborder les modalités et les approches nécessaires pour rédiger un rapport scientifique et ses différentes parties.

Le cours et TD reprendront les modalités d’organisation, structuration et rédaction d’un rapport scientifique. Ils aborderont (i) l’organisation et la description de la méthodologie expérimentale utilisée dans un travail scientifique, (ii) la présentation des données scientifiques sous forme de figures et tableaux, (iii) la description et l’interprétation des données, et (iv) la présentation des conclusions et discussions scientifiques.

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• La Terre dans le système solaire : dimensions, géométrie (plan écliptique, déclinaison solaire), mouvements de la Terre (rotation annuelle, diurne) et ses conséquences (saisons).
• Notions de positionnement : coordonnées géographiques, géométrie sphérique, distance entre deux points à la surface de la Terre, forme de la Terre (modèle sphérique, modèle ellipsoïde, géoïde).
• Les enveloppes externes de la Terre :
  • Description physique de l'atmosphère (pression, température) et aspects dynamiques (circulation atmosphérique mondiale)
  • Aspects énergétiques (rayonnement solaire, transferts radiatif), échanges énergétiques océan/atmosphère, bilan énergétique du système Terre-Soleil.
• Les enveloppes internes de la Terre :
  • Modèles sismologique et pétrographie de la Terre – notion de croûte/manteau/noyau. Sources de chaleur interne, transfert de chaleur, modèle thermique.
  • Modèle mécanique - notions de lithosphère/asthénosphère, plaques lithosphériques.
  • Dynamique de la Terre : mouvements horizontaux (paléomagnétisme) et verticaux (isostasie).

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

L’UE de Microbiologie 2 vise à aborder le métabolisme des microorganismes. 

Le cours reprendra les notions sur la diversité, structure et fonction des organismes procaryotes. Les bases théoriques en microbiologie générale, et particulièrement sur les métabolismes bactériens seront approfondies. L’ensemble de ces connaissances seront illustrées dans les séances de travaux dirigés et de travaux pratiques. 

Chapitre I : Introduction et rappels 

1. Repères de la microbiologie: les procaryotes dans le monde du vivant
2. Structures et fonctions des procaryotes: rappels

Chapitre II : Métabolismes Microbiens 

1. Relations métabolisme/nutrition/croissance
2. Energétique et oxydo-réduction: rappels
3. Production d’énergie via la respiration
4. Production d’énergie via la fermentation
5. La lithotrophie
6. La régulation du métabolisme

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Nutrition carbonée : phase photochimique et cycle de Calvin ; métabolismes C3, C4 et CAM ; photorespiration ; production primaire et métabolites secondaires ; considérations écophysiologiques. 

Nutrition hydrique : potentiel hydrique ; rôles de l’eau dans la plante ; mécanismes de l’absorption ; circulation et émission de l’eau par la plante ; fonctionnement stomatique. 

Nutrition minérale : Absorption et rôles des principaux éléments minéraux ; assimilation et métabolisme de l’azote ; symbiose Rhizobium-légumineuses ; relations métaboliques entre nutrition minérale et processus photosynthétiques. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

L’UE physiologie animale s’inscrit dans le cadre général de la biologie des organismes en continuité avec la biologie animale. Son approche consiste à étudier les grandes fonctions biologiques permettant à l’organisme animal de survivre et de se reproduire (maintien de l’homéostasie). 

Les exemples concerneront l’ensemble des Métazoaires, mais les Mammifères et l’Homme où les connaissances sont bien établies seront des exemples privilégiés. Les rappels concernant la membrane plasmique permettront d’aborder la communication intercellulaire, puis le système nerveux, les organes sensoriels, et le fonctionnement des muscles. Enfin l’appareil cardio-vasculaire et la régulation des paramètres circulatoires feront l’objet d’une attention particulière. 

I- Physiologie de la membrane plasmique 

II- Neurophysiologie 

III- Le système nerveux 

IV- Les récepteurs sensoriels 

V- La contraction musculaire 

VI- Le système cardiovasculaire 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Le cours a comme objectif de permettre aux étudiants d’approfondir leur connaissance sur les statistiques descriptives mais également de se familiariser avec la notion de tests statistiques. Ce cours abordera plus particulièrement la notion de corrélation (Pearson et Spearman) ainsi que la régression linéaire sous sa forme simple mais également polynomiale. L’ensemble de ces notions feront l’objet de TP sous le logiciel R. 

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Cette UE obligatoire vise à développer les différentes compétences langagières définies par le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).

Pour ce quatrième semestre l’accent sera mis sur la compréhension de l’oral à partir de documents de vulgarisation scientifique, et expression orale (phonétique et accentuation de mots)

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Ce module est dédié à la présentation du système carbonate et de ces composants. Il contient 9h de cours magistraux présentant les grands principes environnementaux de la sédimentation carbonatées, les classifications, et ce qui compose ces roches très présentes sur la terre. Une série de TP au microscope complètent cette partie et permettent aux étudiants d’apprendre à reconnaitre les faciès carbonatés et à les associer à des conditions de dépôt, afin de reconstruire le paléo-environnement. Une seconde partie, composée de 15h de TP, présente les différentes familles de micro et macro-fossiles composant les roches carbonatées. Ces TP développent l’aspect anatomique de ces organismes pour introduire des concepts d’écologie de vie. Les TP permettront d’étudier la morphologie d’espèces majeures de chaque grande famille, donnant aux étudiants les clés de description de ces fossiles.

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Principaux groupes fonctionnels en chimie organique : les alcynes, les composés aromatiques, les organométalliques, les alcools, les aldéhydes et les cétones, les acides et dérivés, les amines.  

Les propriétés physiques et chimiques des grandes fonctions en chimie organique, avec en particulier les modes de préparation, de transformation et les mécanismes réactionnels mis en jeu. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

A travers des exemples concrets, apprentissage théorique et pratique des techniques de Biologie Moléculaire couramment utilisées dans un laboratoire.  

Le cours se compose des 5 Chapitres suivants : 

I. Rappels sur la composition et la structure des acides nucléiques 
II. Techniques de base de Biologie Moléculaire
III. Techniques d’amplification par PCR
IV. Techniques de clonage
V. Techniques de séquençage 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Cette UE est une initiation à la virologie. Les virus sont le plus souvent associés à des maladies qu’elles soient humaines, animales ou végétales. Cet aspect sera abordé, ainsi que les méthodes permettant d’étudier les virus et leur classification. De plus, l’importance des virus dans le fonctionnement des écosystèmes et l’évolution des êtres vivants sera également étudiée au travers de différents exemples. Afin de compléter le cours, les étudiants travailleront sur une publication de recherche en virologie qui sera présentée au reste de la promotion. 

Plan du cours : 

1- Historique et définition des virus 

2- Structure des virus 

3- Classification des virus 

4- Cycles de multiplication des virus 

5- Méthodes d’étude des virus 

6- Interactions virus-virus et virus-hôte 

7- Un modèle d’étude : le bactériophage 

8- Défense contre les virus 

9- Les provirus et les prophages 

10- Les virus et le Cancer 

11- Interactions virus-organismes 

12- Les prions 

13- Les virus végétaux et les viroïdes 

14- La grippe 

15- VIH-1 

16- Covid19 

16- Virus et environnement 

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L’UE de génétique bactérienne présente les grands principes des bases moléculaires et génétiques permettant l'étude des mécanismes moléculaires chez les bactéries. Les différents types de mutations et les facteurs qui conduisent à leur apparition chez ces microorganismes ainsi que les différents mécanismes de recombinaison et transferts génétiques seront adressés. Quelques exemples des applications de la génétique bactérienne seront également présentés avec des exemples d’utilisation des différents mécanismes moléculaires vus tout au long du cours.

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Cette UE permet de compléter l’étude des grandes fonctions biologiques commencée avec l’UE physiologie animale 1. La fonction de nutrition au sens large et les échanges entre l’organisme et son environnement seront au cœur de cette UE (Prise alimentaire et digestion, respiration, Excrétion, osmorégulation, thermorégulation). L’objectif de cette UE de fin de licence est de donnée une compréhension de l’organisme dans sa globalité en appréhendant notamment l’interaction entre les systèmes. Ces interactions et le système endocrine sont abordés en conclusion. 

I- Prise alimentaire et digestion 

II- La respiration 

III- Excrétion 

IV- Thermorégulation 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Ce cours présente les différentes étapes du développement des plantes à fleurs, de la plantule à la plante sénescente. L’influence des facteurs environnementaux et hormonaux contrôlant la croissance et la reproduction des végétaux supérieurs sera étudiée en insistant sur les processus cellulaires et moléculaires impliqués. 

Les techniques de biotechnologie végétale (culture in vitro et utilisation des phytohormones, génie génétique, transgenèse) utilisées en amélioration des plantes sont également abordées. 

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L'UE Roches endogènes 1 poursuit les objectifs de l’UE Roches et Chronologie de première année. Elle pose les principes de la reconnaissance au microscope des principaux minéraux silicatés afin de caractériser les roches magmatiques et métamorphiques.

Le cours aborde les notions indispensables sur la composition des silicates, sur leur organisation structurale et les propriétés physiques qui en résultent. Il traite aussi d’optique cristalline pour ce qu’elle va permettre d’identifier les minéraux au microscope. Le cours se termine sur la gitologie des roches magmatiques.

Les 5 séances de TP sont consacrées à l'identification des minéraux silicatés classiques des roches endogènes (minéraux ferro-magnésiens, quartz, feldspaths et feldspathoïdes, calcite). Ils abordent (1) les principes de la reconnaissance des minéraux au microscope, l’identification (2) des roches plutoniques, (3) volcaniques et (4) métamorphiques. La dernière séance est dédiée à l’examen.

Cette approche est réalisée conjointement au travail sur le terrain à Héas pour les biologistes et au Pic du Midi d’Ossau pour les géologues.

Contenu de l’enseignement :

• Cours magistral sur la structure des silicates et leur propriétés cristallines, sur l’optique cristalline et sur la gitologie des roches magmatiques (C : 13h30)
• Séance de révision des roches endogènes vues en Roches et Chronologie en S1 (TP : 1h30)
• TP de microscopie (15h)
• Étude de cas : le magmatisme d’Héas et le volcanisme d’Ossau (TP terrain : 6h, 1 jour)

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• Le cycle de WILSON ; du rift à l’accrétion.
• Les marges océaniques classiques et volcaniques
• Les chaines de montagnes
• Cas d’application ; les Pyrénées. D’une marge hyper étirée à la collision.
• Cartographie – travaux pratiques. Une journée de terrain illustrant les concepts vus en cours

Cette unité d’enseignement vise à donner à l’étudiant les grandes lignes de la structuration d’une marge et d’une chaine de montagne. On présente les grandes étapes du cycle de Wilson, les éléments géométriques des différentes marges et des chaines de montagne. L’application de toutes ses connaissances sera faite en s’appuyant sur l’orogène pyrénéen où toutes les phases du Cycle de Wilson sont présentes, et où, de surcroit, la marge initiale présente une géométrie originale avec des éléments du manteau incorporés. Une série de TP est prévue avec des constructions de coupes géologiques dans les Pyrénées pour approfondir des éléments géométriques vus en cours. Une journée de terrain complète les observations.

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Solutions Aqueuses : structure de la molécule d’eau et propriétés de l’eau.  

Structure des protéines. 

Stabilité des protéines.  

Repliement des protéines : chaperons et autres assistants du repliement. 

Oxydation des protéines 

Dégradation des protéines. 

Enzymologie approfondie. 

    -Vitesse de réaction, loi de vitesse et ordre de la réaction, théorie de l’état de transition. 

    -Réactions à deux substrats.  

    -Régulation de l’activité enzymatique. 

Transport à travers les membranes.  

La phosphorylation oxydative. 

Cours magistraux, TD et TP 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Approfondissement de connaissances en biologie moléculaire :  

-CONFORMATION DES GENOMES 

Complexité des génomes procaryotes et eucaryotes 

Structure des génomes chloroplastiques et mitochondriaux 

Réplication des génomes 

Topoisomérases 

Régulation de la réplication 

-ORGANISATION DES GENOMES 

Structure des gènes chez les organismes procaryotes et eucaryotes 

Expression des gènes 

Régulation de l'expression génique chez les organismes procaryotes et eucaryotes 

-PLASTICITE GENOMIQUE 

Eléments mobiles 

             Plasmides 

            Transposons 

            Intégrons 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

 
Dans cette UE l’étudiant travaillera en équipe de 2 à 4 étudiants autour d’une problématique scientifique simple. Après une phase de recherche bibliographique, cette problématique débouchera sur un travail personnel dont la nature peut varier : observation et description d’objets naturels ou artificiels, traitement de données, mise en évidence de phénomènes, expérimentation, modélisation, simulation etc. Ce travail réalisé en autonomie doit suivre une démarche scientifique quantitative permettant d’avoir un regard critique sur la production réalisée avec un minimum de moyens. L’évaluation aura lieu sous la forme d’une soutenance orale individuelle, complétée par une fiche de synthèse. 

Cette UE a pour objectif la valorisation des compétences pratiques et de l’autonomie de l’étudiant vis-à-vis d’une démarche scientifique quantitative tout en développant un recul critique sur la démarche développée. Les capacités de communication lors de la soutenance et au sein du groupe seront également développées pour mener à bien ce travail. 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Partie méthodes électroanalytiques :  

1. Dosages pHmétriques : calcul rigoureux de pH et dosage de mélanges d’acides ou de bases
2. Dosages potentiométriques à courant nul 3) Dosages potentiométriques à courant imposé 

Partie spectrométrie de masse :  

1. Détermination et prédiction des masses, de la résolution spectrale et des abondances des isotopologues dans un spectre de masse 
2. Apprentissage du fonctionnement d’un spectromètre de masse (source d’ionisation et analyseur) 
3. Apprentissage du fonctionnement des analyseurs multiples 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Depuis l’apparition de la vie unicellulaire sur la Terre, les microorganismes ont pu coloniser la plupart des écosystèmes terrestres de l’atmosphère jusqu’à plusieurs kilomètres de profondeur dans la croute terrestre. Les microorganismes sont à la base des chaines alimentaires. Ils participent au recyclage de la matière et aux grands cycles biogéochimiques. Les buts de cette UE seront de comprendre les techniques d’études de ces microorganismes dans l’environnement, de comprendre le rôle des microorganismes dans les cycles biogéochimiques et de comprendre les interactions entre ces microorganismes mais également avec leur hôte (plante, animal) avec un focus sur l’écosystème microbien de l’Homme. 

Plan du cours : 

1- Introduction 

1.1 Buts de l’écologie microbienne 

1.2 Fonctions des microorganismes  

1.3 Procaryotes : la majorité silencieuse 

2- Qu’est-ce que l’écologie ? 

2.1 Niveaux inférieurs d’organisation du vivant 

2.2 Niveaux supérieurs d’organisation du vivant 

2.3 Les niveaux d’étude de l’écologie 

2.4 Les domaines d’étude de l’écologie 

2.5 Notion de facteur écologique 

2.6 Valence écologique et aire de répartition des microorganismes 

2.7 La notion d’espèce en microbiologie 

3- Etude de la biodiversité microbienne 

3.1 Echantillonnage 

3.2 Microscopie 

3.3 Cytométrie de flux 

3.4 Sélection et isolements 

3.5 Méthodes moléculaires 

3.6 Autres méthodes 

4- Application aux tapis microbiens 

4.1 Utilisation d’inhibiteurs 

4.2 Fractionnement isotopique 

4.3 Indices de diversité 

5- Cycles biogéochimiques 

5.1 Chaines alimentaires et boucle microbienne 

5.2 Carbone 

5.3 Azote 

5.4 Soufre 

5.5 Phosphore 

5.6 Métaux 

6- Interactions entre les microorganismes 

6.1 Introduction 

6.2 Neutralisme 

6.3 Amensalisme 

6.4 Prédation 

6.5 Compétition 

6.6 Parasitisme 

6.7 Commensalisme 

6.8 Coopération 

6.9 Mutualisme 

7- Le microbiote humain 

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Description du cours et modalités pédagogiques : 

Après quelques rappels d’écologie générale, la population est décrite de par sa structuration mais aussi de par l’évolution de ses effectifs dans le temps. Cette dynamique peut être caractérisée par des modèles simples jusqu’à des modèles plus complexes qui prennent en compte diverses interactions comme la prédation ou la compétition. L’enjeu est de pouvoir prédire le comportement des effectifs d’une population dans le temps à partir de données initiales et de paramètres intrinsèques à la population ou de paramètres environnementaux. 

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L’unité d’enseignement de génétique des populations apportent les bases indispensables à la compréhension du fonctionnement génétique des populations.  

Il comprend des cours magistraux et des travaux dirigés couvrant : 

• Fréquences alléliques, loi de Hardy-Weinberg, fréquences des hétérozygotes, structure génétique. 
• Evolution moléculaire : déséquilibre de liaison, théorie neutraliste de l’évolution moléculaire, sélection, auto-stop.  
• Pressions évolutives : mutation, dérive génétique, migration, sélection  
• Subdivision des populations et statistiques F (statistique de Wright, effet Walhund). 

• Spéciation

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Cette UE a pour objectif la présentation des milieux de sédimentation détritique depuis la source (Continental) à la plaine abyssale (Marin) ainsi que la dynamique des écoulements responsable de la mise en place de ces environnements sédimentaires.

Le cours présente les différents milieux de sédimentation fluviatiles, mixtes et marins, des travaux pratiques illustrent ce cours afin d'apprendre à reconnaître les différents types de faciès et milieux de dépôts.

Le cours portera ensuite sur les paramètres régissant la formation des bassins sédimentaires (subsidence, eustatisme, apports sédimentaires). Les notions de stratigraphie sismique et séquentielle sont abordées.

La dernière partie portera sur la caractérisation physique des écoulements et processus

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