• Préparation des échantillons : prélèvement, conservation, préparation, extraction, analyse
• Expression des résultats : paramètres étudiés, unités, présentation des résultats, précision et justesse
• Substances chimiques et critères indicateurs de pollution
• Principales caractéristiques physico-chimiques (T, salinité, oxygène dissous, pH, turbidité), méthodes de mesure
• Matière particulaire (MES organique, C, N, P, pigments chlorophylliens), méthodes d’analyse
• Nutriments (nitrite, nitrate, ammonium, phosphate, silicate), méthodes d’analyse
• Application de méthodes analytiques à des échantillons réels

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Les cours permettront de vous familiariser avec les statistiques descriptives, exploratoires (uni- et multi-variées) ainsi que principaux tests paramétriques et d'en maitriser l'application à l'aide du logiciel R. Les principes fondamentaux sous-jacent toute analyse statistique seront également revus afin d'assurer une démarche scientifique intègre. Toutes les notions abordées seront constamment appliquées à l'aide de données biologiques/environnementales réelles en salle informatique (temps limité) ou dans le cadre de travaux personnels (temps long).

Le cours porte sur les notions suivantes :

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L'objectif de cette UE est d’une part de fournir aux étudiants des connaissances sur les principaux polluants, leurs caractéristiques physico-chimiques, leur distribution dans les écosystèmes, leurs effets sur différentes composantes d’un écosystème ainsi que sur la mise en place de normes de protection et d’autre part de les former à choisir des outils appropriés pour évaluer la toxicité des polluants.

Après la présentation des concepts théoriques et pratiques de l’écotoxicologie en cours magistraux, les étudiants seront amenés à restituer de façon critique et synthétique des résultats de travaux de recherche ; un accent sera mis sur le choix d’outils appropriés pour l’évaluation de la toxicité des polluants. Pour cela, ils réaliseront par groupe des revues bibliographiques (5 à 6 articles) qu’ils présenteront en classe et qui seront discutées à la lumière des notions acquises en cours.

 Rubriques du cours:

• Principaux polluants et leurs caractéristiques physico-chimiques
• Réactivité des polluants en milieu aquatique
• Effets des polluants sur les populations (écotoxicité)
• Effets des polluants sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes
• Perturbations globales des écosystèmes
• Méthodes d’étude des effets des polluants : dispositifs expérimentaux, échantillonnage, détermination de la réactivité, tests écotoxicologiques
• Bioindicateurs et Biomarqueurs

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Les zones côtières représentent 75% de la production de l’océan pour 5% seulement de sa surface. Ce sont des espaces de forte biodiversité et d’intense productivité. De nombreuses activités économiques s'y exercent et/ou en dépendent ; nombre de ces espaces produisent divers services écosystémiques.

Ils sont l'objet de pressions anthropiques croissantes [activités des bassins versants ; densités humaines élevées ; conflits d’usages pour l’utilisation de l’espace et des ressources (exploitation des ressources halieutiques et des fonds sous-marins, développement de projets liés aux énergies marines …) ; pollutions, etc.]. Ils sont également exposés à des évènements exceptionnels (vagues de submersion, crues, tempêtes) et au changement global (dont les effets du changement climatique).

Cette unité d’enseignement permet de comprendre la nature des principaux processus physiques, chimiques et biologiques qui interviennent sur la modification de la structure et de la fonctionnalité des écosystèmes côtiers. Complémentaire de l’UE « Ecologie fonctionnelle des milieux aquatiques » qui couvre notamment les apports et l’hydrologie des bassins versants, elle permettra de mieux appréhender la complexité des interactions entre facteurs physique, chimique, biologique et socio-économique, pour répondre aux grands enjeux sociétaux et environnementaux.

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Concepts de surveillance et d'évaluation : règles de base, utilisation d’indices uniques ( water quality index)  

Description de différents réseaux de surveillance dans différentes matrices : eaux douces, eaux souterraines, eaux littorales, eaux usées biosurveillance 

 Utilisation des données de surveillance pour les eaux douces (base de données Naïades) et les eaux souterraines (base de données ades) 

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Ce cours permet d’aborder les principales techniques d’échantillonnage, de préparation et d’analyse des eaux, matières particulaires et tissus biologiques pour la mesure des polluants. Une campagne d’échantillonnage et une séance de travaux pratiques en laboratoire permettent d’appliquer les notions vues en cours et de compléter les attentes des contrôles qualités des analyses. 

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Confrontée aux questions climatiques, environnementales, politiques et économiques, la gestion de l’eau est un souci prioritaire partagé par la communauté internationale et subit de profonds changements. Elle inspire les Etats et les collectivités locales à travers les politiques mises en œuvre et notamment la politique de l'eau. Celle-ci donne lieu à des actes formalisés (directives, lois, circulaires ministérielles, communication gouvernementale, schémas directeurs, contrats, etc.). Une approche intégrée de la gestion des ressources en eau permet de mieux répondre aux enjeux et constitue un pas important vers le développement socioéconomique durable du territoire mais la mise en œuvre d’une telle Gestion Intégrée des Ressources en Eau (GIRE) est indissociable d’une gouvernance moderne, d’un cadre juridique et institutionnel adapté. Un certain nombre de dispositifs (contrats de rivière, territoriaux, SAGE...) se sont développés au cours de la dernière décennie pour coordonner et rationaliser la gestion de l'eau par tous les acteurs concernés à l'échelle d'un bassin versant mais la multiplicité de ces acteurs, de leurs objectifs, de leurs moyens, des caractéristiques de l'eau et de ses usages, complique parfois les interactions.

Cette unité d’enseignement permet de se situer par rapport aux enjeux de la politique de l’eau et de son architecture réglementaire. Faisant appel à des notions pluridisciplinaires (environnementales, institutionnelles, politiques, économiques…), elle doit permettre de maîtriser divers outils applicables dans la vie professionnelle en matière de gestion intégrée de l’eau et des territoires. L’essentiel des enseignements sont dispensés par des intervenants professionnels (EPCI, Agence de l’Eau).

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Le cours peut être associé à un cours de spécialité pour un enseignement en binôme.

• Elaboration d'un diaporama servant de support à une présentation scientifique
• Apprentissage de vocabulaire de spécialité
• Elaboration d’un blog scientifique
• Préparation à une certification en langue de type TOEIC/Cambridge

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Stage de 6 mois.

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L’objectif est de manipuler, organiser et représenter des données cartographiques et des indicateurs issus de base de données externes. Pour cela les enseignements reprennent les connaissances théoriques sur la cartographie et les SIG et notamment les différents systèmes de projection. L’interface et la prise en main du logiciels QGIS est revue avec notamment l’Importation / Exportation de données, l’Interrogation des données, la Création de données et la Gestion des données images Raster. La Géolocalisation grâce au système de positionnement par satellites (GNSS) et les moyens utiles pour des acquisitions 3D, entre autre par photogrammétrie aérienne, seront abordés.  

Des travaux dirigés et des travaux pratiques permettent une initiation sur les mesures terrain en nivellement et rattachement altimétrique ainsi que la construction et la manipulation de base de données pour leur représentation géographique. 

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Le projet tuteuré est une modalité de travail pédagogique qui consiste en une mise en situation professionnelle de l’étudiant, réalisée en mode projet, au sein d’un groupe d’étudiants, en collaboration avec une entreprise, collectivité, association ou un laboratoire et sous la responsabilité d’un membre de l’équipe pédagogique tuteur (universitaire ou professionnel). Il recouvre les notions de projet, projet collectif, projet collaboratif, travail encadré de recherche, etc.

Mené en équipe de 4 à 7 étudiants entre septembre et janvier (le nombre et la période sont indicatifs, ils peuvent varier d’un projet à un autre), il offre aux étudiants l’opportunité de saisir l’imbrication et d’ancrer activement les différents enseignements/savoir-faire acquis au cours de la formation aux situations professionnelles. C’est à la fois un temps de réflexion, d’approfondissement et de confrontation à une situation opérationnelle associée à la formulation et la gestion d’un projet et, in fine, d’acquisition de nouvelles compétences.

Dans cette unité d’enseignement, des interventions relatives aux outils et méthodes de gestion de projet et à la communication sont proposées afin de les appliquer à votre projet. L’intervenant accompagne le groupe projet dans la structuration et la planification du projet. Sans se substituer au « donneur d’ordre » qu’est l’enseignant tuteur, il guide, réoriente et conseille le groupe d’étudiants.

En inscrivant les étudiants dans les réseaux de professionnels et d’universitaires, cette unité d’enseignement œuvre dans le sens d’une professionnalisation. Elle doit permettre de susciter l’intérêt des étudiants, dans une perspective éventuelle de proposition de stages plus opérationnels (stage de fin d’étude) ou d’embauche ultérieure.

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• Le projet tuteuré est ici réalisé dans le cadre d'un contrat d'apprentissage (Master 2 alors réalisé en alternance). Elle consiste en une immersion professionnelle de l’étudiant, au sein d’une structure d’accueil (entreprise, collectivité, association ou laboratoire) et sous la responsabilité d’un maitre d’apprentissage et avec le suivi des membres de l’équipe pédagogique. Les modalités de cette UE dépendront ainsi des missions qui seront spécifiquement confiées à l’alternant. 
• Il offre aux étudiants l’opportunité de saisir l’imbrication et d’ancrer activement les différents enseignements/savoir-faire acquis au cours de la formation aux situations professionnelles. C’est à la fois un temps de réflexion, d’approfondissement et de confrontation à une situation opérationnelle associée à la formulation et la gestion d’un projet et, in fine, d’acquisition de nouvelles compétences.  

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• Le projet tuteuré est une modalité de travail pédagogique qui consiste en une mise en situation professionnelle de l’étudiant, réalisée en mode projet, au sein d’un groupe d’étudiants, en collaboration avec une entreprise, collectivité, association ou un laboratoire et sous la responsabilité d’un membre de l’équipe pédagogique tuteur (universitaire ou professionnel). Il recouvre les notions de projet, projet collectif, projet collaboratif, travail encadré de recherche, etc. 
• Mené en équipe de 4 à 7 étudiants entre septembre et décembre (le nombre et la période sont indicatifs, ils peuvent varier d’un projet à un autre), il offre aux étudiants l’opportunité de saisir l’imbrication et d’ancrer activement les différents enseignements/savoir-faire acquis au cours de la formation aux situations professionnelles. C’est à la fois un temps de réflexion, d’approfondissement et de confrontation à une situation opérationnelle associée à la formulation et la gestion d’un projet et, in fine, d’acquisition de nouvelles compétences. 
• Dans cette unité d’enseignement, des interventions relatives aux outils et méthodes de gestion de projet et à la communication sont proposées afin de les appliquer à votre projet. L’intervenant accompagne le groupe projet dans la structuration et la planification du projet. Sans se substituer au « donneur d’ordre » qu’est l’enseignant tuteur, il guide, réoriente et conseille le groupe d’étudiants. 
• En inscrivant les étudiants dans les réseaux de professionnels et d’universitaires, cette unité d’enseignement œuvre dans le sens d’une professionnalisation. Elle doit permettre de susciter l’intérêt des étudiants, dans une perspective éventuelle de proposition de stages plus opérationnels (stage de fin d’étude) ou d’embauche ultérieure. 

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Les cours permettront de vous familiariser avec la visualisation et le traitement des données spatio-temporelles en écologie. Au-delà de certaines approches spécifiques, le cours met l'accent sur des méthodes analytiques générales pouvant également servir hors cadre spatio-temporel. Toutes les notions abordées seront constamment appliquées à l'aide de données biologiques/environnementales réelles en salle informatique (temps limité) ou dans le cadre de travaux personnels (temps plus long). 

Le cours porte sur les notions suivantes : 

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Dans cette UE, les étudiants ont entre autre la gestion d’un projet de rédaction d’un guide méthodologique pour le diagnostic des milieux aquatiques. L’organisations de réunions de projet, la répartition des tâches par groupes ou individuellement doit permettre à chacun d’aborder toutes les thèmes abordés : réglementation de l’environnement (normes de rejet, polluants prioritaires et émergents), toxicité, transport et flux, transformations et réactivité, stratégie, méthodes d’échantillonnage et d’analyse et représentation des résultats. Ce guide permet de recenser les informations disponibles : littérature grise, bases de données des réseaux d’observation, SIG pour l’occupation des sols et les pressions anthropiques… Il sert d’outil pour la suite du cours avec des travaux dirigés sur des études de cas qui permettent de compléter les connaissances sur les cycles géochimiques et la spéciation de certains polluants dans les zones de transition afin d’affiner les stratégies d’échantillonnage et d’analyse. Il sert aussi de bas à la réflexion d’une étude expérimentale menée en travaux pratique sur le potentiel de transformation ou le transport de certains polluants. 

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Le cours peut être associé à un cours de spécialité pour un enseignement en binôme.

• Elaboration d'un diaporama servant de support à une présentation scientifique
• Apprentissage de vocabulaire de spécialité
• Elaboration d’un blog scientifique
• Préparation à une certification en langue de type TOEIC/Cambridge

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Le pauvre état de conservation de la plupart de nos masses d’eau impose de mener des travaux de restauration. Le terme « restauration » est souvent utilisé, mais parfois avec des connotations très diverses, même opposées. La restauration écologique vise à recouvrer la structure et le fonctionnement originaux des écosystèmes aquatiques, ou au moins, d’approcher l’état originel (réhabilitation ou restauration partielle).  Donc, il est essentiel de bien connaitre les fondements de la structure (qualité de l’eau, forme du chenal, espèces, etc.) et du fonctionnement (épuration des eaux, production de poissons, etc.) des milieux aquatiques.

La restauration écologique démarre avec un diagnostic décrivant actuel de l’écosystème, les éléments qui sont modifiés, parmi lesquels certains sont plus importants pour recouvrer les structures et les fonctions perdues. Puis il faut croiser cette information avec impératifs législatifs et socio-économiques pour déterminer la faisabilité de chaque alternative et ainsi choisir le plan d’action. Ce plan d’action doit ensuite être exécuté et son efficacité doit enfin être évaluée.

Cette unité d’enseignement présente les différentes étapes du processus de restauration écologique de milieux aquatiques. Au travers d’exemples concrets concernant la dégradation des rivières, la discontinuité écologique, l’établissement de récifs artificiels et les aménagements côtiers, les étudiants aborderont la complexité scientifique et opérationnelle liée à la restauration écologique. Reflet de l’interaction entre différents partis nécessaires à l’aboutissement des projets de restauration, les intervenants proviennent de structures variées (recherche publique, industriels de l’hydro-électricité, services de l’état…).

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Le projet tuteuré est une modalité de travail pédagogique qui consiste en une mise en situation professionnelle de l’étudiant, réalisée en mode projet, au sein d’un groupe d’étudiants, en collaboration avec une entreprise, collectivité, association ou un laboratoire et sous la responsabilité d’un membre de l’équipe pédagogique tuteur (universitaire ou professionnel). Il recouvre les notions de projet, projet collectif, projet collaboratif, travail encadré de recherche … 

Mené en équipe de 4 à 7 étudiants entre septembre et janvier (le nombre et la période sont indicatifs, ils peuvent varier d’un projet à un autre), il offre aux étudiants l’opportunité de saisir l’imbrication et d’ancrer activement les différents enseignements/savoir-faire acquis au cours de la formation aux situations professionnelles. C’est à la fois un temps de réflexion, d’approfondissement et de « mise à l’épreuve » dans le cadre d’une situation opérationnelle associée à la formulation et la gestion d’un projet et, in fine, d’acquisition de nouvelles compétences. 

Dans cette unité d’enseignement, des interventions relatives aux outils et méthodes de gestion de projet et à la communication sont proposées afin de les appliquer à votre projet. L’intervenant accompagne le groupe projet dans la structuration et la planification du projet. Sans se substituer au « donneur d’ordre » qu’est l’enseignant tuteur, il guide, réoriente et conseille le groupe d’étudiants. 

En  inscrivant les étudiants dans les réseaux de professionnels et d’universitaires, cette unité d’enseignement œuvre dans le sens d’une professionnalisation. Elle doit permettre de susciter l’intérêt des étudiants, dans une perspective éventuelle de proposition de stages plus opérationnels (stage de fin d’étude) ou d’embauche ultérieure. 

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• Le projet tuteuré est une modalité de travail pédagogique qui consiste en une mise en situation professionnelle de l’étudiant, réalisée en mode projet, au sein d’un groupe d’étudiants, en collaboration avec une entreprise, collectivité, association ou un laboratoire et sous la responsabilité d’un membre de l’équipe pédagogique tuteur (universitaire ou professionnel). Il recouvre les notions de projet, projet collectif, projet collaboratif, travail encadré de recherche, etc.
• Mené en équipe de 4 à 7 étudiants entre septembre et décembre (le nombre et la période sont indicatifs, ils peuvent varier d’un projet à un autre), il offre aux étudiants l’opportunité de saisir l’imbrication et d’ancrer activement les différents enseignements/savoir-faire acquis au cours de la formation aux situations professionnelles. C’est à la fois un temps de réflexion, d’approfondissement et de confrontation à une situation opérationnelle associée à la formulation et la gestion d’un projet et, in fine, d’acquisition de nouvelles compétences.
• Dans cette unité d’enseignement, des interventions relatives aux outils et méthodes de gestion de projet et à la communication sont proposées afin de les appliquer à votre projet. L’intervenant accompagne le groupe projet dans la structuration et la planification du projet. Sans se substituer au « donneur d’ordre » qu’est l’enseignant tuteur, il guide, réoriente et conseille le groupe d’étudiants.
• En inscrivant les étudiants dans les réseaux de professionnels et d’universitaires, cette unité d’enseignement œuvre dans le sens d’une professionnalisation. Elle doit permettre de susciter l’intérêt des étudiants, dans une perspective éventuelle de proposition de stages plus opérationnels (stage de fin d’étude) ou d’embauche ultérieure.

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• Le projet tuteuré est ici réalisé dans le cadre d'un contrat d'apprentissage (Master 2 alors réalisé en alternance). Elle consiste en une immersion professionnelle de l’étudiant, au sein d’une structure d’accueil (entreprise, collectivité, association ou laboratoire) et sous la responsabilité d’un maitre d’apprentissage et avec le suivi des membres de l’équipe pédagogique. Les modalités de cette UE dépendront ainsi des missions qui seront spécifiquement confiées à l’alternant.
• Il offre aux étudiants l’opportunité de saisir l’imbrication et d’ancrer activement les différents enseignements/savoir-faire acquis au cours de la formation aux situations professionnelles. C’est à la fois un temps de réflexion, d’approfondissement et de confrontation à une situation opérationnelle associée à la formulation et la gestion d’un projet et, in fine, d’acquisition de nouvelles compétences. 

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Cette UE se base sur l'approche par projet : chaque étudiant décide de concevoir un projet de son choix en lien avec les milieux aquatiques ; ce faisant il acquiert et synthétise les connaissances nécessaires à la conception de son projet en particulier, et développe les compétences de réflexion, organisation et communication nécessaires à la conception de projet en général. Le projet peut impliquer l'acquisition de données, le traitement de données, la synthèse de sources bibliographiques, la médiation scientifique… et porter sur le(s) milieu(x) aquatique(s) de son choix. La posture à adopter par l'étudiant est celle d'un porteur de projet qui présenterait son projet à un jury ou un comité de sélection (recruteurs, financeurs…), qu'il doit convaincre de la pertinence de ce qu'il compte faire. Cette pertinence réside dans cinq points principaux : 

1. Formuler clairement l'objectif du projet, en posant explicitement la question à laquelle le projet cherche à répondre. 

1. Identifier les enjeux auxquels le projet répond : théorie scientifique, préservation d'habitats naturels, qualité ou quantité de l'eau à usage humain, équité sociale, éducation, optimisation de process… 

1. Pointer l'originalité du projet : lacunes dans les connaissances actuelles, résultats antérieurs contradictoires, émergence récente de nouvelles méthodes… 

1. Décrire et justifier des méthodes adaptées à la question posée. 

1. Démontrer la faisabilité du projet proposé : budget, planning, partenariat, preuve de concept, données préliminaires… 

En début d'UE, l'étudiant définit un sujet sur lequel il souhaite travailler. Pendant le déroulement de l'UE, il consulte des sources bibliographiques et contacte les personnes ressources afin de formuler son sujet comme une question précise auquel son projet permettrait de répondre, d'identifier les enjeux et cerner l'originalité de son projet. Il s'appuie également sur la bibliographie et les interactions avec les acteurs du domaine pour concevoir un projet réaliste en termes de budget, de planning, de collaborations. Cette phase peut impliquer d'utiliser les ressources du FabLab pour fabriquer des preuves de concepts ou des prototypes, ou de collecter des données préliminaires comme arguments de faisabilité du projet. 

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Stage de 6 mois.

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