L'UE présente les bases (sémantiques, théoriques et mécanistiques) de l’écologie scientifique utiles à la compréhension de la structure et du fonctionnement des écosystèmes. Elle aborde également en TD des enjeux sociétaux contemporains et s'organise globalement selon les axes suivants :

            - Introduction à l'écologie.

            - Interactions organismes et environnements.

            - Énergie et matière dans les écosystèmes.

            - Écologie des populations.

            - Interactions entre populations.

            - Écologie des communautés.

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L’objectif de l’UE est de décrire l’organisation structuro-fonctionnelle de la cellule et de comprendre la situation de la cellule parmi les différents niveaux de l’organisation d’un organisme vivant. C’est pourquoi, le premier chapitre portera sur le niveau "amont" : les biomolécules et le dernier chapitre portera sur le niveau "aval" : les tissus.

En TD, les étudiant seront amenés à travailler sur des exercices de réflexion pour asseoir des connaissances théoriques abordées en cours et pour aborder les méthodes de d’étude en biologie cellulaire. Une partie des TD sera consacrée à la présentation orale par les étudiants de petits travaux de recherche bibliographique

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Statistique descriptive univariée à l’aide d’un tableur

• Variable quantitative, variable qualitative,
• Répartition par modalités ou par intervalles de valeurs,
• Représentations graphiques,
• Valeurs caractéristiques d’une distribution statistique (indicateurs de position et dispersion).

Probabilités

• Expérience aléatoire, évènements,
• Variables aléatoires,
• Loi de probabilité (discrète, continue), Fonction de répartition,
• Espérance mathématique, variance,
• Lois de probabilités usuelles (Bernoulli/binomiale/géométrique, Poisson/exponentielle, uniforme, normale).

Statistique inférentielle

• Fluctuations d’échantillonnage,
• Intervalles de confiance pour les grands échantillons (moyenne, proportion, variance).

L’approche pédagogique, basée sur un cours magistral classique et des travaux dirigés sur ordinateur, privilégie l’engagement des étudiants à travers de nombreux exercices d’application. 

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› Description microscopique

L’étude proposée dans cette UE est centrée sur la classification périodique des éléments, outil essentiel du biochimiste, dans l’objectif de développer les compétences relatives à son utilisation : extraction des informations qu’elle contient, prévision de la réactivité des corps simples, prévision de la nature des liaisons chimiques dans les corps composés, etc. On se limite aux principales caractéristiques de la liaison chimique, à l’exclusion de modèles plus élaborés.

› Description macroscopique

La finalité de ce module est de poser les bases fondamentales pour la compréhension de la structure des molécules biologiques en fonction des propriétés spécifiques des entités chimiques qui les constituent (polarité, polarisabilité…). Reconnaitre macroscopiquement les fonctions organiques impliquées dans les mécanismes du vivant est indispensable au biologiste.

› Contenus des enseignements :

1. L’atome : modèles historiques – Utilisation du modèle de Bohr – Architecture et lecture du tableau périodique. 
2. Fonctions organiques : représentation des liaisons – Le modèle de Lewis.
3. Géométrie des molécules (méthode VSEPR) : stéréochimie
4. Interactions intermoléculaires : Évolution des propriétés au sein de la classification (Polarité – Polarisabilité ) - Interactions de Van der Waals – Liaison hydrogène.
5. Forces intermoléculaires et structure des protéines.

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À travers différentes disciplines relevant de la géologie (datation, géochimie, sismologie, cartographie…), l’objectif est d’acquérir à la fois des connaissances de base sur la nature et la structure du globe ainsi que des méthodes d’analyse essentielles.

Les séances de TD porteront sur la mise en œuvre de méthodes de datation, d’analyse des données de sismogrammes, et d’analyse de données cartographiques.
 

Principaux thèmes abordés :

• Du minéral à la roche : Systèmes cristallins, familles de minéraux ; les différents types de roches exogènes et endogènes.
• Dater et ordonner les roches : Datation relative (principes de datation relative ; notion de fossile stratigraphique, biozone), radiochronologie (principaux couples d’éléments et leur utilisation ; âge radiométrique d’une roche).
• Tableau chronostratigraphique : corrélations stratigraphiques, stratotypes d’unité et de limite (GSSP).
• Sismologie et établissement du modèle PREM : discontinuités majeures, LVZ.
• Les données d’une carte géologique ; première approche d’une coupe géologique.

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Course Description and Pedagogical Methods:

The students are organised in level-groups following the results of a placement test at the beginning of the year. In this course, the students will practice the four main skills for communication with a focus on reading comprehension, and will review some basic grammar concepts. The students will work with up-to-date materials from journals and magazines, internet articles, videos, etc. Students will improve their comprehension, fluency, and confidence in spoken and written English through individual practice and regular participation in pair and group work, oral activities, reading and listening comprehension exercises, and general classwork.

Class activities will include listening, reading, writing, and informal/formal speaking to understand, learn, remember, and explain information from both written and spoken materials. Also,to help you improve your grammar and writing, we will have online grammar practice with mini-reviews when necessary.

You will have:

• Classwork, pop quizzes and online homework that are part of the grade,
• A midterm exam level-based on the grammar and vocabulary studied in class,
• A final exam common to all levels to check your progression. The final will focus on reading comprehension.

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À l'aide de contenus en ligne (Elearn) et de séances de TD actives, les étudiant(e)s découvriront les bases du fonctionnement de leur cerveau.

Ils pourront ainsi utiliser des techniques de mémorisation dont l'efficacité a été prouvée : feedback, mise en place d'associations grâce aux cartes mentales, répétitions espacées. Mais aussi apprendre à mieux gérer leur attention et la charge cognitive et ainsi s'organiser plus efficacement, notamment à l'aide de rétroplannings.

Les supports utilisés (notions à apprendre, plannings de travail, évaluations, etc) seront des supports en lien direct avec les UE enseignées au semestre 1 en L1 Biologie : Écologie - Évolution - Environnement, Biologie Cellulaire 1, Physique-Chimie pour la Biologie, Mathématiques pour la Biologie.

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L’objectif est de connaître les modalités de la mise en place, au cours du développement embryonnaire, du plan d’organisation chez quelques grands groupes animaux, ainsi que d’acquérir des notions de biologie du développement qui trouveront leur suite logique en biologie et physiologie animales, en anatomie comparée, en phylogénie…

Contenu :

Cours magistral : embryologie descriptive de différents représentants des métazoaires : détails des étapes de fécondation, segmentation, gastrulation, et organogenèse ; stades larvaires, métamorphose.

TD : analyse d’observations et de résultats expérimentaux, comprenant un aspect historique des découvertes en embryologie, pour caractériser certains aspects du développement par la pratique d’un raisonnement scientifique rigoureux.

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À travers différentes outils mathématiques, l’objectif est d’acquérir à la fois des connaissances solides appartenant à la culture scientifique commune et des outils permettant de modéliser un phénomène biologique ou géologique.

Les séances de TD porteront sur la mise en œuvre de ces méthodes dans des situations classiques relevant du cadre de la biologie et de la géologie.

Principaux thèmes abordés :

• Étude d’évolutions de populations.
• Modèle de Leslie.
• Calcul de l’épaisseur du Moho.
• Amplitude d’habitat.

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À travers de nombreux exemples tirés des domaines de la Physique, de la Chimie, de la Biologie et de la Géologie, les étudiants replaceront chronologiquement les différentes avancées scientifiques au cours de l’Histoire.

Deux méthodes de construction des connaissances scientifiques (inductivisme et falsificationnisme) et le concept de révolution scientifique seront présentés, avec leurs limites.

Enfin, à l’aide d’exemples historiques et actuels, les étudiants seront amenés à s’interroger sur les liens entre Science et Société et sur les implications éthiques de la Science.

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Cette UE vient en complément de l’UE "Physique Chimie pour la biologie", elle permet un approfondissement des notions utiles à la réactivité en chimie organique.

› Chapitre 1 : effets électroniques dans les molécules organiques

• Effets inductifs,
• Effets mésomères.

› Chapitre 2 : la réaction en chimie organique

• Les grands types de réaction (substitution, addition, élimination…),
• Les intermédiaires réactionnels (carbocation, carbanion, radical).

› Chapitre 3 : étude de la réactivité de quelques fonctions monovalentes (Substitutions et Éliminations)

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Préparation à la certification PIX, 8 compétences traitées dans les 5 domaines proposés :

• Partager et publier
• Résoudre des problèmes techniques
• Mener une recherche et une veille d'information
• Sécuriser l'environnement numérique
• Protéger les données personnelles et la vie privée
• Adapter les documents à leur finalité
• Traiter des données - Développer des documents textuels

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L’objectif de cette UE est de réaliser une action de communication scientifique à destination d’une classe de primaire.

En groupe de 3 à 4, les étudiants produiront un support et animeront une séance de médiation scientifique avec les élèves d’une classe de primaire, en lien avec les programmes.

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Pour les grands embranchements d’invertébrés, nous verrons les différentes classes et leurs principales fonctions biologiques (systèmes locomoteur, respiratoire, excréteur, reproducteur, digestif, nerveux…). Les vertébrés seront principalement abordés à travers les systèmes locomoteur et respiratoire. Une attention particulière sera portée à l’évolution de ces fonctions.

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Objectif :

Acquérir les connaissances de base sur la phylogénie, les plans d’organisation, les cycles biologiques et la biologie des grands groupes végétaux, en particulier la biologie de la reproduction.

Contenu :

Qu’est-ce qu’un végétal ?

Données phylogénétiques et biologiques sur les grands groupes du monde « végétal » (cyanobactéries, bryophytes, trachéophytes, spermatophytes, Angiospermes…)

Description de l’appareil végétatif (cellules, tissus, organes), de l’appareil reproducteur, cycles biologiques. Aspect adaptatif et évolutif de la biologie des végétaux.

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Probabilités

• Processus de Bernoulli et lois associées (révisions),
• Processus de Poisson et lois associées (révisions),
• Approximation de lois :
  • Du processus de Bernoulli au processus de Poisson,
  • La loi normale en biologie (Théorème central limite).
• Loi du Chi2 et loi de Fisher,
• Simulations avec un tableur et le logiciel R.

Statistique descriptive univariée à l’aide d’un logiciel de statistique (logiciel R)

Statistique inférentielle

• Estimation et intervalles de confiance pour les grands échantillons (révisions),
• Intervalle de confiance : méthodes pour les petits échantillons,
• Introduction aux tests d’hypothèses (risque de première espèce et de seconde espèce, puissance).

L’approche pédagogique, basée sur un cours magistral classique et des travaux dirigés sur ordinateur, privilégie l’engagement des étudiants à travers de nombreux exercices d’application. 

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Partie Chimie (8 semaines)

1) Concentration

Définition : de la mole, de la masse molaire M, de la concentration molaire et massique, application aux dilutions.

2) Acide et bases :

Définir acide, base et pH – définir la constante d’acidité Ka (généralisation à la constante de réaction) – Acides forts et acides faibles - Établir le diagramme de prédominance en fonction du pKa (sans calcul approfondi) – autoprotolyse de l’eau- Indicateurs colorés.

3) Oxydo-réduction

Définir oxydant et réducteur – Potentiel de Nernst – Classement des couples redox selon leur potentiel – prévision des réactions.

4) Vitesse d’une réaction

Définir la vitesse d’avancement volumique d’une réaction.

Partie Physique (5 semaines)

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Cet enseignement non disciplinaire a pour principal objectif de rendre l’étudiant acteur de son orientation. Il oblige l’étudiant à s’interroger sur son avenir professionnel, l’incite à découvrir les réalités professionnelles en lui transmettant une méthode de recherche et de traitement de l’information, et d’aide à la décision afin de construire un projet d’études et de définir un plan d’action.

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Course Description and Pedagogical Methods:

The students are organised in level-groups following the results of a placement test at the beginning of the year. In this course, the students will practice the four main skills for communication with a focus on listening comprehension, and will review some basic grammar concepts. The students will work with up-to-date materials from journals and magazines, internet articles, videos, etc. Students will improve their comprehension, fluency, and confidence in spoken and written English through individual practice and regular participation in pair and group work, oral activities, reading and listening comprehension exercises, and general classwork.

Class activities will include listening, reading, writing, and informal/formal speaking to understand, learn, remember, and explain information from both written and spoken materials. Also,to help you improve your grammar and writing, we will have online grammar practice with mini-reviews when necessary.

You will have:

• Classwork, pop quizzes and online homework that are part of the grade,
• A midterm exam level-based on the grammar and vocabulary studied in class,
• A final exam common to all levels to check your progression. The final will focus on listening comprehension.

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Conçue comme une U.E. de consolidation, les Mathématiques 2 permettent d’approfondir les connaissances acquises lors du premier semestre.

Les séances de TD porteront sur la mise en œuvre de ces méthodes dans des situations classiques relevant du cadre de la biologie et de la géologie.

Principaux thèmes abordés :

- Étude d’évolutions de populations.

- Modèle de Leslie.

- Calcul de l’épaisseur du Moho.

- Amplitude d’habitat.

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L'UE permet d'acquérir les connaissances de base en parasitologie (sémantiques, taxonomique et théoriques) et vise à largement illustrer la diversité parasitaire, ainsi que ses effets sur les populations/communautés hôtes. Les aspects écologiques y étant bien plus développés que les aspects épidémiologiques et/ou vétérinaires. L'UE est structurée autour des axes suivants :

            - Introduction au parasitisme (diversité et mode de vie)

            - Les stratégies d’exploitation du parasite (favorisation, manipulation).

            - Les stratégies de résistance de l’hôte (évitement, résistance).

            - Écologie parasitaire.

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A travers l’étude de différents exemples, les étudiants découvriront l’anatomie générale d’un Vertébré : squelette, tégument et phanères, appareil digestif, appareil respiratoire, appareil cardiovasculaire, appareil excréteur, système nerveux, appareil reproducteur.

Lors des différentes séances de TD, ils pourront ainsi explorer la diversité anatomique des Vertébrés, en lien avec les contraintes de leur milieu de vie et leur histoire évolutive.

Les 2 dernières séances de TD seront consacrées à des exposés réalisés en groupe où les étudiants ré-investiront les connaissances acquises pendant le cours sur un Vertébré au choix.

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Objectif :

Acquérir des notions de base en pédologie pour mieux cerner l’importance des sols d’un point de vue écologique. L’étude des sols, en particulier sur le terrain, est par ailleurs un moyen de favoriser la mise en relation des connaissances dans des domaines scientifiques variés : géologie, biologie (en particulier végétale), climatologie, chimie…

Contenu :

-Cours magistral : Structures macroscopiques (horizons) et microscopiques d’un sol ; formation (altération des roches, climatologie, interactions avec le vivant) et évolution des sols.

Données physico-chimiques (porosité, pH, …).

-TP : Étude intégrée sur le terrain (2 sorties)

-TD : exploitation des données recueillies sur le terrain à l’aide d’outils numériques spécifiques (cartographie, …)

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L’objectif de cette UE est d’acquérir un savoir-faire théorique et expérimental dans le domaine de la chimie analytique. Les différents principes de dosage volumétriques (dosages directs, dosages indirects, dosages en retour), ainsi que diverses techniques de dosage en chimie analytique (indicateurs colorés, pHmétrie, conductimétrie, potentiométrie) sont abordés sur le plan fondamental puis mis en application pour analyser des composés dans des produits alimentaires, des produits commerciaux ou d’usage courant.

L’enseignement s’organise autour de 5 séances de travaux pratiques permettant aux étudiants de devenir autonomes, aussi bien vis-à-vis des manipulations, que vis-à-vis de la présentation des résultats, l’interprétation des résultats et l’élaboration d’un compte-rendu scientifique.

Ces 5 séances se déclinent comme suit :

. Préparation d’une solution étalon – Dosages acido-basiques par colorimétrie ;

. Dosage acido-basiques de produits d’usage courant par pH-métrie ;

. Comparaison des techniques de pH-métrie et conductimétrie pour des dosages acido-basiques ;

. Dosages d’oxydo-réduction (directs et indirects) par colorimétrie et potentiométrie.

. Résolution d’une problématique en totale autonomie.

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L’objectif de cette UE est de découvrir le monde de l’enseignement au cours d’un stage de 6 demi-journées avec un(e) enseignant(e) au sein d’une classe de l’enseignement primaire ou secondaire.

Chaque étudiant devra trouver un enseignant tuteur, faire valider leur convention de stage, observer une ou plusieurs séances en classe, réaliser une progression en lien avec les programmes de Sciences de l’Éducation nationale en collaboration avec leur enseignant tuteur et enfin animer une ou plusieurs séances en classe (en présence de leur enseignant tuteur).

À la suite de ce stage, l’étudiant remettra un rapport de stage et effectuera une soutenance orale.

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L’UE Chimie des Solutions Avancée est optionnelle et fait suite à l’UE Physique-Chimie pour la Biologie 2, obligatoire.

Elle permet d’approfondir les notions de chimie des solutions qui y sont abordées, et est destinée aux étudiants désireux de comprendre l’importance des équilibres acido-basiques et des équilibres rédox dans le monde du vivant.

C'est une unité d’apprentissage fondamental qui aborde l’impact sur le vivant et sur l’environnement :

• Étude approfondie des équilibres acido-basique,
• Étude approfondie des équilibres rédox.

L’objectif de l’enseignement est l’acquisition de connaissances fondamentales en chimie des solutions aqueuses. La maîtrise des équilibres élémentaires de la chimie des solutions et de la chimie analytique permet d’appréhender la chimie de milieux plus complexes comme les milieux naturels (écosystèmes aquatiques, milieux physiologiques…).

Ainsi, cet enseignement a pour objectif la maîtrise des outils scientifiques permettant de comprendre, d’analyser et de prévoir l’évolution de la composition physico-chimique d’un milieu aqueux. Les applications de cet enseignement sont ainsi très diverses et l’on peut citer, par exemple, la chimie des eaux naturelles, la chimie environnementale, le traitement des eaux, ainsi que des applications dans le milieu médical ou pharmaceutique.

Le contenu du programme de L1PC est le suivant :

• Les échanges de protons et d’électrons en solution aqueuse,
• Les équilibres acido-basiques (réactions acide-base ; prévisions de réaction, calculs de pH ; dosages,
• Les équilibres d’oxydo-réduction (nombre d’oxydation d’un élément, réaction rédox, prévision de réaction, dosages rédox).

Enfin, la mise en situation expérimentale de cette UE est développée sous forme de SAÉ – Situation d’Apprentissage et d’Évaluation - dans l’UE « TP Chimie » qui regroupe des travaux pratiques concernant la chimie des solutions aqueuses (dissolution, dilution, dosages acido-basiques, dosages rédox…). (Voir UE TP Chimie).

L’UE Chimie des Solutions Avancée est organisée sur les 6-7 dernières semaines du semestre 2.

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Plus d'informations à la page suivante : https://formation.univ-pau.fr/fr/scolarite/ue-transverses.html

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• Physiologie cellulaire : mécanismes des transports membranaires.
• Système nerveux : neurone, déclenchement et propagation du potentiel d’action, synapses électrique et chimique, système nerveux autonome
• Mécanisme réflexe : exemple de la posture et de l’équilibration
• Fonctionnement du muscle squelettique
• Système cardio-vasculaire : cœur et système vasculaire, régulation de la pression artérielle.
• Thermorégulation

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Lors des cours et des TD, les étudiants travailleront sur les notions suivantes :

• Structure, propriété et fonction des molécules biologiques (protéines, glucides, lipides, acides nucléiques)
• Enzymologie (catalyse et cinétique enzymatiques, inhibiteurs compétitifs, non compétitifs et incompétitifs, allostérie)
• Bioénergétique (variation d’énergie libre, potentiels d’oxydo-réduction, couplages énergétiques)
• Métabolisme énergétique (glycolyse et fermentations, oxydation des acides gras, cycle de Krebs, chaîne respiratoire et phosphorylation oxydative)

En TP, les étudiants mesureront l’activité d’une enzyme (détermination K_M et Vmax), utiliseront une technique de séparation des protéines (colonne de chromatographie) et réaliseront une électrophorèse d’ADN. En travaux pratiques, les étudiants devront développer leur réflexion et leur autonomie en utilisant les connaissances acquises en cours et en TD pour résoudre un problème scientifique.

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Le but de ce cours est d’étudier certains aspects fondamentaux de l'écologie des populations (croissance et extinction) et des interactions entre espèces et leur environnement. Cet enseignement demande un effort sérieux et une réelle motivation pour les statistiques, les équations et les modèles mathématiques.

Les travaux dirigés ont pour objectif 1/d’illustrer l'exemple vu en cours magistral et 22/ s'approprier les concepts et techniques calculatoires en réalisant les exercices proposés.

Chaque support de TD commence en général par l'exemple donné et traité en détail en Cours (avec solution détaillée donnée), de façon à ce que l'étudiant.e puisse comprendre les éléments de Cours par l'exemple; ensuite, des exercices nouveaux (traités en présentiel à la fin des TDs mais sans que la solution soit fournie sous forme de document mis à disposition sur eLearn!) permettent à l'étudiant.e de comprendre et trouver la solution par la réflexion personnelle et l'adaptation (sachant qu’il y a plusieurs alternatives possibles en général). Sous le contrôle de l'enseignant qui aide à la réflexion et oriente, les TDs sont l'occasion de travailler, apprendre, comprendre, et progresser seul, en binôme ou en petits groupes. Plusieurs approches pouvant exister et les échanges entre étudiant.e.s sont fortement encouragés de manière à partager les différentes options de résolution des exercices. L’approche pédagogique encourage véritablement la réflexion personnelle et le développement de l’expertise nécessaire au futur professionnel, tout en décourageant les tendances au copier-coller et au plagiat.

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Lors des cours, les étudiants découvriront les notions suivantes :

• Organisation de l’information génétique chez les procaryotes et les eucaryotes (structure des chromosomes et des plasmides)
• Réplication de l’ADN (structure et fonctionnement de la fourche de réplication)
• Transcription (promoteurs, élongation, terminateurs, ARN polymérases)
• Traduction (ribosomes, ARMm, ARNt, code génétique, maturation des ARNm)
• Régulation de l’expression des gènes (opéron lactose, répression catabolique, atténuation, les différents niveaux de régulation eucaryotes)
• Techniques de Biologie moléculaire : électrophorèse, enzymes de restriction, plasmide recombiné, Southern blot, Northern blot, Western blot, Séquençage, PCR …

Lors des TD, les étudiants pourront utiliser ces connaissances pour analyser des résultats expérimentaux issus d’articles scientifiques. Ils devront également être de choisir la technique de biologie moléculaire adaptée en fonction du problème posé.

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› Probabilités

• Probabilités conditionnelles,
• Indépendance,
• Loi de Bayes.

› Statistique descriptive bivariée à l’aide d’un tableur et d’un logiciel statistique (logiciel R)

• Tableaux de contingence,
• Représentations graphiques bivariées,
• Calcul d’indicateurs numériques pour différentes sous-parties d’un jeu de données.

Statistique inférentielle

• Tests de comparaison d’une valeur observée à une valeur théorique (moyenne, variance, proportion),
• Test d’adéquation à la loi normale,
• Intervalles de confiances d’une différence de moyennes et de proportions,
• Tests de comparaison de deux valeurs observées (moyenne, variance, proportion).

Ce cours combine des cours magistraux, des exercices théoriques et des mises en application sur ordinateur.

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The students are organised in level-groups following the results of a placement test in L1. If at the end of the first year their average score of both semesters equals 15 or above, they will be promoted to the next level group

 In this course, the students will practice the four main skills for communication with a focus on written expression, and will review some basic grammar concepts. The students will work with up-to-date materials from journals and magazines, internet articles, videos, etc. Students will improve their comprehension, fluency, and confidence in spoken and written English through individual practice and regular participation in pair and group work, oral activities, reading and listening comprehension exercises, and general classwork.

Class activities will include listening, reading, writing, and informal/formal speaking to understand, learn, remember, and explain information from both written and spoken materials. Also,to help you improve your grammar and writing, we will have online grammar practice with mini-reviews when necessary.

You will have:

• Classwork, pop quizzes and online homework that are part of the grade,
• A midterm exam level-based on the grammar and vocabulary studied in class,
• A final exam common to all levels to check your progression. The final will focus on written expression

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L’objectif est d’acquérir des connaissances dans les domaines du métamorphisme et de la géodynamique interne, champs complémentaires de ceux développés dans l’UE Géologie 2 de L1 S2 (phénomène sédimentaire et magmatisme), afin de développer une vision globale de la dynamique du globe. Une sortie sur le terrain permet d’appréhender la réalité de phénomènes géologiques étudiés précédemment (L1) ou abordés durant cette UE.

Principaux thèmes abordés :

- Déformation et métamorphisme de la lithosphère

- Données pétrogénétiques et structurales (macro et microstructures), paragenèses, faciès métamorphiques, chemins P-T

- Séries métamorphiques, métamorphisme de contact, métamorphisme régional

- Mouvements tectoniques et géodynamique interne, modèle de la convection mantellique

- Chaleur interne, conduction, convection, subduction, collision, accrétion océanique

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L’objectif est de réinvestir les compétences dans les domaines sédimentaires, magmatiques, métamorphiques et géodynamiques acquises en partie dans les UE précédentes de géologie (Géologie 1, 2 et 3) pour comprendre l’évolution de grands ensembles structuraux dont on étudiera quelques exemples (bassin sédimentaire, chaîne de montagne…).

Une sortie sur le terrain sera l’occasion d’établir une reconstitution de l’histoire régionale à partir d’observations réelles (géomorphologiques, pétrologiques, structurales…).

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Perception et communication chimique, sonore, tactile et visuelle chez les animaux terrestres.

Emission des signaux sensoriels et mécanismes de perception. Réponses comportementales.

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Contenu de l’enseignement

Le contenu de l’enseignement se répartit sur les deux premières années universitaires (L1PC et L2PC).

Le contenu du programme de L2PC est le suivant :

• Les équilibres de complexation ; dosages complexométriques ;

• Les équilibres de précipitation – dissolution ; dosages par précipitation ;

• Les diagrammes Potentiel – pH (diagrammes E-pH de Pourbaix) ;

• Application aux études de corrosion uniforme – domaines de corrosion, de passivation ou d’immunité ;

• La potentiométrie à courant nul.

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Préparation à la certification PIX, 8 compétences traitées dans les 5 domaines proposés :

• Partager et publier
• Résoudre des problèmes techniques
• Mener une recherche et une veille d'information
• Sécuriser l'environnement numérique
• Protéger les données personnelles et la vie privée
• Adapter les documents à leur finalité
• Traiter des données - Développer des documents textuels

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Le stage s’effectue généralement lors de l’été précédant l’entrée en L2 Biologie. Il se déroule en France ou à l’étranger, dans une structure d’accueil privée, publique ou parapublique avec laquelle une convention de stage est signée.

L’étudiant effectue l’ensemble des démarches, depuis la recherche de l’entreprise d’accueil jusqu’à la signature de la convention. Il est immergé dans le monde professionnel pendant 2 à 8 semaines et peut établir ses premiers contacts professionnels.

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Le cours explore l'étude scientifique du comportement animal, en mettant l'accent sur les différents types de questions pouvant être traitées, ainsi que la démarche théorique et expérimentale permettant d'y répondre. Au-delà du comportement animal, il met en avant des méthodes scientifiques partagées par de nombreuses disciplines. Les travaux dirigés consistent à construire un programme informatique simulant le comportement collectif d'animaux sociaux. 

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L'enseignement est structuré autour des questions principales liées à l'évolution des stratégies de reproduction chez les animaux. Chaque question est traitée du point de vue proximal (physiologie) et ultime (évolutif), et une synthèse est proposée. Les concepts sont illustrés avec des document tirés directement de la littérature scientifique primaire, que les étudiant.e.s apprennent à commenter, en participant en cours (sinon, les enseignants le font eux-mêmes, mais c'est plus ennuyeux).

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Plus d'informations à la page suivante : https://formation.univ-pau.fr/fr/scolarite/ue-transverses.html

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• La génétique mendélienne et ses extensions (dominance/récessivité́, allèles multiples, épistasie ...)
• Théorie chromosomique de l'hérédité́ (hérédité́ liée au sexe)
• Liaison génétique et cartographie
• Analyse de tétrades (liaison au centromère, cartographie, conversion génique)
• Structure fine du gène (complémentation, recombinaison et cartographie intragéniques)
• Mutations, aberrations chromosomiques
• Génétique du développement (gènes embryonnaires précoces et tardifs, mise en place des axes embryonnaires et du plan d'organisation, gènes homéotiques)

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Objectif :

Connaître la systématique des bactéries et des champignons, les modes de nutrition et de reproduction des microorganismes et le rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes.

Contenu :

Bactériologie

• Biodiversité bactérienne
• Nutrition et métabolismes bactériens
• Croissance et contrôle des bactéries
• Bases d’écologie microbienne
• Génétique bactérienne : conjugaison, transformation, transduction

Mycologie

• Classification des champignons (myxomycotines, eumycotines, …)
• Modes de vie et de reproduction des champignons
• Relations trophiques (décomposeurs, symbiotes, pathogènes…)

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Le but est d’acquérir les connaissances de base concernant la nutrition, la croissance et le développement des végétaux (Trachéophytes principalement), tout en développant ses capacités d’analyse, son sens critique et la rigueur de son raisonnement.

Principaux thèmes abordés :

- Nutrition hydrique : rôles de l’eau, circulation de l’eau chez les Trachéophytes, adaptations physiologiques (sécheresse …)

- Nutrition minérale : mécanismes d’absorption et rôles des principaux éléments minéraux, assimilation et métabolisme de l’azote, symbiose Rhizobium-Légumineuse.

- Nutrition carbonée : photosynthèse en C3, en C4 et métabolisme CAM ; Photorespiration.

- Les phytohormones et leurs rôles dans la croissance et le développement

Les TD sont l’occasion d’une analyse rigoureuse et raisonnée d’observations pour établir les caractéristiques de processus physiologiques. Les TP permettent la mise en œuvre d’une démarche expérimentale : suivi d’un protocole, puis relevé, analyse et critique des résultats, et leur mise en perspective dans le cadre théorique étudié en cours magistral et en TD.

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L’UE Biologie cellulaire 2, décrit les différentes fonctions cellulaires (adressage cellulaire, signalisation cellulaires, régulation du cycle cellulaire, apoptose…) et l’interaction entre ces fonctions. Elle aborde aussi les mécanismes de dérégulation des processus responsables de pathologies telle que la carcinogénèse.

Pour asseoir des connaissances théoriques abordées en cours, une partie des TD se fera par l’analyse et l’interprétation de résultats issus de publications scientifiques et l’autre partie de TD sera consacrée à des présentations orales (en binômes ou trinômes) de travaux de recherche bibliographique ou d’une analyse d’article

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Les notions de statistique descriptive et inférentielle dans les UE précédentes sont mises en application à l’aide d’un tableur et du logiciel R pour le traitement statistique de jeux de données biologiques.

L’intégralité de l’enseignement se fait dans une approche par projet, en groupes de 5-6 étudiants. Ce travail abouti à la rédaction collective d’un rapport.

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Cet enseignement non disciplinaire a pour principal objectif de rendre l’étudiant acteur de son orientation. Il oblige l’étudiant à s’interroger sur son avenir professionnel, l’incite à découvrir les réalités professionnelles en lui transmettant une méthode de recherche et de traitement de l’information, et d’aide à la décision afin de construire un projet d’études et de définir un plan d’action.

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Cette UE obligatoire vise à développer les différentes compétences langagières définies par le Cadre Européen Commun de Référence pour les Langues (CECRL).

Pour ce quatrième semestre l’accent sera mis sur la compréhension de l’oral à partir de documents de vulgarisation scientifique, et expression orale (phonétique et accentuation de mots)

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L'enseignement est structuré autour de 4 sorties de terrain. Chaque sortie porte sur un milieu et un groupe taxonomique différent (algues et invertébrés benthiques de l'estran rocheux, oiseaux des barthes, poissons de ruisseaux, flore dans une mosaïque d'habitat), et est animée par des intervenants employés dans différentes structures (université, Conservatoire d'Espaces Naturels, Centre Permanent d'Initiative pour l'Environnement, IFREMER, INRAE). Avant chaque sortie, l'intervenant présente le contexte et les méthodes qui seront utilisées. A l'issue de chaque sortie, les binômes d'étudiant.e.s rédigent un rapport rendant compte du contexte, des méthodes appliquées et des résultats obtenus. La note de l'UE est la moyenne des 4 rapports.

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Ce cours d'introduction à la biologie de la conservation/restauration permet de contextualiser/approfondir des notions déjà abordées dans d'autres UE et s'organise de la façon suivante :

1. Introduction à la biologie de la conservation
2. Biodiversité
3. Perte de la biodiversité
4. Persistance des populations - Facteurs évolutifs
5. Persistance des populations - Facteurs démographiques
6. Où et quoi conserver ?

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The language used during this course (lectures, tutorials and evaluations) is English.

This course aims to acquire the fundamental notions of Immunology.

During the lectures, the students will learn the basics of immunology:

• Lymphoid organs, immune cells and molecules.
• Immune response (innate and adaptive)
• Structure, functions, diversity and genetics of antibodies
• Structure, functions, diversity and genetics of MHC
• Immunological techniques

During the tutorials, the students apply these notions by analysis documents (alone or in groups): experimental results or medical cases.

At the end of this course, each group of students will analyze a scientific paper and present it to the class.

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Au croisement de différents champs disciplinaires tels que la chimie, la biologie, les sciences de la Terre ou encore la santé, l’enseignement dispensé dans l’UE Sciences Environnementales aborde des problématiques environnementales liées aux activités humaines. Cet enseignement permet de découvrir l’impact des rejets de contaminants dans l’environnement en lien avec l’urbanisation et les pratiques industrielles, agricoles, d’élevage et de la santé. Les exemples traités concernent des problématiques locales (estuaire de l’Adour, estuaire de la Gironde…) et globale (e.g. réchauffement climatique, cycles géochimiques). Des méthodes permettant de retracer l’évolution historique des activités humaines à travers l’enregistrement dans les sols ou dans des organismes aquatiques sont abordées en regard avec l’évolution des réglementations et des besoins de la société. Le comportement des contaminants dans l’environnement est étudié en fonction de leurs propriétés physico-chimiques. Les notions de concentration dans le milieu et les organismes, de transformations abiotique et biotique et de transfert entre les différents compartiments de l’environnement permettent de quantifier les sources, d’estimer l’impact des polluants sur l’environnement et de communiquer sur les risques potentiels.

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Partie théorique

Passage en revue des réactions typiques des composés selon leur fonction organique : alcène, alcool, amines, dérivés carbonyles, acides et dérivés.

Appliquer ces réactions à des synthèses multi-étapes de composés organiques divers : arôme, pesticide, hormones, médicaments… etc

Partie expérimentale : travaux pratiques

Approfondissement des techniques de synthèse classiques en laboratoire tel : montage à reflux, distillation, hydro distillation, recristallisation, extraction, piège à gaz.

Approfondissement des techniques de caractérisations : ccm, Tf, IR, nD.

Mise en œuvre de techniques séparatives analytiques plus précises : analyse CPG et HPLC.

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L’objectif de cette UE est de découvrir le monde de l’enseignement au cours d’un stage de 6 demi-journées avec un(e) enseignant(e) au sein d’une classe de l’enseignement primaire ou secondaire.

Chaque étudiant devra trouver un enseignant tuteur, faire valider leur convention de stage, observer une ou plusieurs séances en classe, réaliser une progression en lien avec les programmes de Sciences de l’Éducation nationale en collaboration avec leur enseignant tuteur et enfin animer une ou plusieurs séances en classe (en présence de leur enseignant tuteur).

À la suite de ce stage, l’étudiant remettra un rapport de stage et effectuera une soutenance orale.

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Le stage s’effectue entre janvier et mai, pour les étudiants ayant déjà validé des UE du semestre 4. Il se déroule en France ou à l’étranger, dans une structure d’accueil privée, publique ou parapublique avec laquelle une convention de stage est signée.

L’étudiant effectue l’ensemble des démarches, depuis la recherche de l’entreprise d’accueil jusqu’à la signature de la convention. Il est immergé dans le monde professionnel pendant 2 à 8 semaines et peut établir ses premiers contacts professionnels.

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Cet enseignement est entièrement basé sur des projets d'étudiant.e.s. En concertation avec l'enseignant, des groupes d'étudiant.e.s choisissent un thème d'étude comportementale. Ils réalisent ensuite des observations en suivant les règles méthodologiques de l'éthologie, et rendent-compte de leur travail dans un rapport dont le format suit celui d'articles scientifiques.

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Plus d'informations à la page suivante : Cliquez ici

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• Systèmes d’échanges gazeux chez les animaux terrestres et aquatiques, physiologie respiratoire chez les mammifères
• Physiologie du système digestif chez les mammifères
• Mécanismes d’osmorégulation chez les animaux terrestres et aquatiques
• Systèmes excréteurs chez les animaux, physiologie rénale

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Les marqueurs moléculaires polymorphes (Isoenzymes, RFLP, RAPD, VNTR, SNP, ...) et leurs domaines d'application (diagnostic, génotypage, systématique, phylogénie, ...). Les méthodes de mesure de l'expression des gênes au niveau transcriptionnel et au niveau traductionnel. En TP, l’étudiant mettra en œuvre l’ensemble des étapes expérimentales permettant de révéler la biodiversité génétique de biofilms microbiens, depuis l’extraction d’ADN et l’amplification de gènes ribosomiques par PCR (au laboratoire), jusqu’à l’analyse phylogénétique des espèces microbiennes identifiées (en salle informatique).

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1- Mutabilité de l'ADN : Organisation et variabilité des génomes, altérations de l'ADN
2- Mécanismes de réparation dès lésions de l'ADN : Réparations directes, réparations par excision, tolérance aux lésions
3- Recombinaison génétique : Recombinaison homologue, site spécifique, illégitime et VDJ

4- Transposition :  Eléments transposables procaryotes, éléments transposables eucaryotes, mécanismes de transposition, impact des éléments transposables sur les génomes

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Les cours, TD et TP présentent de manière complémentaire les outils scientifiques (concepts, méthodes d'échantillonnage, indicateurs, modèles théoriques) utilisés dans l'étude de la biodiversité :

• Echantillonnage et quantification des différents aspects de la biodiversité
• Processus écologiques générant, maintenant ou altérant la biodiversité
• Lien entre biodiversité, fonctionnement et stabilité des écosystèmes

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Connaissances sur l’histoire évolutive des végétaux et la place des grands groupes végétaux dans la biodiversité. 

Connaissances sur les principes et les méthodes de la systématique végétale (caractères taxonomiques et hiérarchie botanique ; espèces et spéciation ; construction d’une phylogénie et d’une classification ; nomenclature botanique ; établissement des clés d’identification…).

Connaissances sur la classification actuelle des Embryophytes (Marchantiophytes, Anthocérophytes, Bryales, Sphagnales, Trachéophytes à spores, Pinophytes et Magnoliophytes).

Acquisition de quelques principes méthodologiques des analyses de flore et de végétation (méthodes qualitatives : répartition horizontale et verticale de la flore et de la végétation, groupes écologiques, types ou formes biologiques…).

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Contenu

• Plans d’expérimentation et d’échantillonnage, indépendance des données.
• Manipuler un jeu de données : tri, calcul de nouvelles variables, sous-parties d’un jeu de données.
• Statistique descriptive pour des échantillons uni- et bivariés : Représentations graphiques, paramètres de tendance centrale et de dispersion, tableaux de contingence.
• Estimation ponctuelle et par intervalle de confiance de paramètres.
• Principe des tests statistiques
• Comparaison d’un paramètre observé à une valeur théorique
• Comparaison de plusieurs échantillons (moyenne, variance, proportions) pour des données indépendantes ou appariées (tests de comparaison, analyse de variance à un et à deux facteurs).
• Corrélation et régression linéaire simple et multiple.

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This course will focus in the first part of the semester on scientific and technical skills related to the student’s field of study. The second part of the semester will deal with work-related items such as CV writing and job interviews.

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Plus d'informations à la page suivante : https://formation.univ-pau.fr/fr/scolarite/ue-transverses.html

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Cette unité d'enseignement permet d'appréhender les fondamentaux en biologie évolutive, incluant :

                - Les principales forces évolutives et leurs éventuelles conséquences adaptatives.

                - L'implication adaptative à des échelles infra-individuelles et populationnelles.

                - La notion d'espèce ainsi que les modalités de spéciations associées.

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En binôme, les étudiants choisissent une question de recherche sur laquelle ils veulent travailler. A partir de recherches bibliographiques, ils construisent un argumentaire sur l'intérêt de cette question. Ils établissent ensuite un protocole expérimental visant à répondre à cette question. L'argumentaire et le protocole sont enfin présentés dans un document écrit et une soutenance orale. Trois séances de cours donnent quelques outils pour les différentes étapes (argumentaire, protocole, compte-rendu), et les étudiants sont encouragés à solliciter l'aide de personnes ressources pour avancer dans leur projet.

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Cette UE est une introduction à l’analyse génétique des populations. Son objectif est de présenter aux étudiants les termes, les principes, les concepts de la génétique des populations ainsi que les méthodes utilisées et leurs domaines d’application. Les cours magistraux seront illustres par des TD et des TP. Les TD porteront sur des analyses d’articles scientifiques en groupe de 3 ou 4 étudiants.

Ces analyses seront discutées lors de présentations orales à la lumière des notions théoriques abordées en cours. Quant aux TP, ils porteront sur la mise en forme de données génotypiques puis à une initiation a analyse de ces données à l’aide de logiciels de génétique des populations.

Principaux thèmes abordés :

‒ Modèle de Hardy-Weinberg (principes de base et utilisation)

‒ Comment mesurer la variabilité génétique

‒ Outils d’analyse de la variabilité génétique (marqueurs génétiques et outils informatiques)

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Ce travail de groupe porte sur la recherche, l’analyse, et la restitution d'une synthèse bibliographique. Chaque groupe se verra attribué une thématique de recherche (champs disciplinaires multiples : génétique des populations, écotoxicologie, écologie évolutive, écologie générale, génétique moléculaire, etc.) qu'il faudra affiner et dont il faudra faire l'étude bibliographique. Chaque étudiant devra analyser un article scientifique et il faudra faire émerger collectivement le dénominateur commun de tous les articles sélectionnés (principes biologiques fondamentaux, méthodologie, conclusion, perspectives, etc.) dans un travail approfondi, mais néanmoins synthétique.

Ce travail sera ponctuellement supervisé, à la demande des étudiants, par l’enseignant responsable de la discipline choisie, mais les modalités d'organisation tout au long du semestre devront être définies par les étudiants de chacun des groupes, incluant des recherches en dehors du temps universitaire (recherches bibliographiques, concertation collective, rédaction). Les restitutions orales et écrites se feront partiellement en anglais, ce qui est un élément pédagogique faisant intégralement partie de l'UE.

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Partie 1 : Analyse en Composantes Principales et Analyse en Composante Factorielle.

Partie 2 : Cette UE s’appuie ensuite sur les notions théoriques de statistique descriptive et inférentielle déjà acquises. Celles-ci sont mises en application à l’aide des logiciels R et Excel pour le traitement statistique d’un jeu de données biologiques réel issu d’une commande externe.

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Cet enseignement non disciplinaire a pour principal objectif d’accompagner l’étudiant dans son (ses) choix de poursuite d’études après la licence, ou le cas échéant à préparer son insertion dans le monde professionnel. Il a aussi pour but d’aider l’étudiant à formaliser ses candidatures aux masters ou aux écoles d’ingénieurs qu’il souhaite rejoindre.

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Le stage s’effectue de début mars à fin mai (8 semaines minimum) mais peut s’étendre jusqu’à fin août (24 semaines). Il se déroule en France ou à l’étranger, dans une structure d’accueil privée, publique ou parapublique avec laquelle une convention de stage est signée.

L’étudiant est mis en situation de recherche d’emploi : il effectue l’ensemble des démarches, depuis la recherche de l’entreprise d’accueil jusqu’à la signature de la convention. Il est immergé dans le monde professionnel de 8 à 24 semaines et peut établir ses premiers contacts professionnels.

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Nous verrons dans ce cours comment les animaux aquatiques perçoivent leur environnement et comment ils communiquent entre eux. Les communications chimique, sonore, tactile et visuelle seront abordées et pour chaque type de communication, nous verrons comment les animaux aquatiques émettent des signaux sensoriels, les perçoivent et quels sont les réponses comportementales associées.

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L’objectif de ce cours est d’acquérir les bases de la virologie : structure et classification des virus, diversité des cycles de réplication intra-cellulaire, diversité des modes de transmission, diversité des méthodes d’analyse des virus (détection, identification, quantification), lutte antivirale (vaccination et antiviraux.

Ces connaissances seront illustrées par différents exemples de virus lors des séances de travaux dirigés : bactériophages, virus infectant les végétaux, virus infectant les animaux, virus infectant l’espèce humaine.

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